بررسي بيوانفورماتيكي تأثير فاكتور نورون‌زايي مشتق ‌شده از مغز بر ميزان بيان ژن در رده سلولي SH-SY5Y

Bioinformatics Study of the Effect of Brain-derived Neurogenic Factor (BDNF) on Gene Expression in SH-SY5Y Cell Line

مقدمه: با توجه به اهميت بررسي و شناسايي مسيرهاي حفاظتي BDNF، تحقيق اخير با استفاده از پايگاه‌هاي داده بيوانفورماتيكي با هدف آناليز ميزان بيان ژن‌هاي ثبت شده در پايگاه داده NCBI به منظور شناخت ژن‌هاي بيان شده در رده سلولي SH-SY5Y در نتيجه تيمار با BDNF و استرس اكسيداتيو و شناسايي مسير‌هاي حفاظتي BDNF انجام شد. روش: در مطالعه حاضر با استفاده از سرورهاي بيوانفورماتيكي و پايگاه داده NCBI و با جستجوي كتابخانه‌هايي حاوي بيش از 48000 واحد داده حاصل از تجزيه و تحليل نرم افزار Illumina و Bid studio با نمونه‌برداري دستي در مرحله نخست (بر اساس P -value) و در مرحله دوم بر اساس ميزان ارتباط با سازگاري نورون توسط نرم‌افزار SPSS نسخه 20 ميزان همبستگي پيرسون و همبستگي اسپيرمن و رابطه خطي با سنجش ميزان برازش يا رگرسيون اندازه‌گيري و آناليزها انجام شد. نتايج: همبستگي پيرسون بين داده‌هاي CTR و CMP مثبت و رابطه خطي بين آن‌ها با اندازه‌گيري رگرسيون مثبت تأييد گرديد. بر اساس نتايج به دست آمده، درصد پروتئين‌هاي سازگار كننده نورون از داده‌هاي CTR نسبت به داده‌هاي CMP بيشتر بود. بيشترين پروتئين‌هاي حفاظت نورون مربوط به حفظ شكل سلول و اسكلت سلولي و مرتبط با بقاي نورون بودند.

Introduction: Considering the importance of the evaluation and identification of BDNF protective pathways, this study was conducted to analyze the expression rate of genes registered in the NCBI database to identify the genes expressed in SH-SY5Y cell line due to BDNF protection and oxidative stress and also to identify the protective pathways of BDNF. Method: In this study, bioinformatics and NCBI databases and libraries including 48000 datasets were explored and data were collected using Illumina and Bid studio software. In the first phase, sampling was performed manually based on the P-value, and in the second phase, based on the relationship with compatibility of neurons, the Pearson correlation coefficient, Spearman's correlation coefficient, and linear relationship were calculated by measuring fit or regression using SPSS version 20. Results: The Pearson correlation between CMP and CTR data was positive; and the linear regression between them was also positive. The frequency percentage of neuron adapter proteins obtained from CTR data was higher than that from CMP data; and a great number of protective proteins were related to the protection of cell shape and cellular skeleton, and neuron survival. Conclusion: Due to the contact of neurons with BDNF, some genes are specifically expressed, therefore, BDNF can increase the life and compatibility of neurons.