رويكردي جديد جهت شناسايي و تعيين ارتباط جهش‌هاي ژني meca بر مبناي hrm با نوع نمونه باليني در ايزوله‌هاي استافيلوكوك اورئوس

A New Approach to Identify and Determine the Relationship between MecA Gene Mutations Based on HRM with Clinical Species in Staphylococcus aureus Isolates

جهش ژني در استافيلوكوك اورئوس از مهم ترين دلايل ايجاد سويه هاي مقاوم به آنتي بيوتيك است. روش آناليز منحني ذوب dna با قدرت تفكيك بالا(hrm) مي تواند اين جهش ها را با كيفيت بسيار بالايي شناسايي كند. هدف از اين مطالعه، ارزيابي نقش نوع نمونه باليني در بروز جهش هاي نوكلئوتيدي در ژن meca استافيلوكوك اورئوس به روش hrm بود.مواد و روش ها: در اين مطالعه تجربي، از 43 ايزوله باليني استافيلوكوك اورئوس استفاده شد. جهت شناسايي جهش هاي احتمالي، ايزوله هاي داراي ژن meca شناسايي و ژن مربوطه تعيين توالي شد. سپس، تجزيه و تحليل داده ها با استفاده از نرم افزارهاي stepone v2.3 و hrm v3.0.1 انجام شد. نتايج تعيين توالي به عنوان استاندارد طلايي مورد استفاده قرار گرفت.ملاحظات اخلاقي: اين مطالعه با كد اخلاق ir.umsha.rec.1396.637 در كميته اخلاق پژوهشي دانشگاه علوم پزشكي همدان به تصويب رسيده است.يافته ها: از 43 ايزوله باليني استافيلوكوك اورئوس، 11 ايزوله (25.58 درصد) داراي ژن meca و 32 ايزوله (47.41 درصد) فاقد ژن meca بودند. با توجه به نمونه هاي باليني مختلف، 3 ايزوله (27.27 درصد) مقاوم به متي سيلين از نمونه خون، 2 ايزوله (18.18 درصد) از نمونه ادرار، 2 ايزوله (18.18 درصد) از نمونه زخم، 2 ايزوله (18.18 درصد) از نمونه كاتاتر، 1 ايزوله (9.09 درصد) از آبسه و 1 ايزوله (9.09 درصد) هم از سواپ بيني جدا شد. در اين بين، ايزوله هاي گرفته شده از زخم و ادرار داراي بيشترين جهش در اسيد آمينه آدنين به صورت a →t، a →g، a →c و a →x مشاهده شد. ايزوله هاي جدا شده از خون داري جهش در اسيد آمينه گوانين به صورت g →a بودند.نتيجه گيري: ارتباط معني داري بين نوع جهش و نوع نمونه باليني در ايزوله هاي استافيلوكوك اورئوس مقاوم به متي سيلين ديده شد.

Gene mutation in Staphylococcus aureus is one of the most important causes of antibiotic-resistant strains. The High Resolution Melting Curve (HRM) analysis of DNA method can detect these mutations very high quality. The purpose of this study was to evaluate the role of clinical sample type in the occurrence of nucleotide mutations in the mecA gene of S. aureus by HRM method. Materials and Methods: In this experimental study, 43 clinical isolates of S. aureus were used. To detect possible mutations, isolates with mecA gene were replicated and sequenced. Then, analysis was performed using StepOne Software v2.3 and HRM v3.0.1 software. Sequencing results were used as gold-standard. Ethical Considerations: This study with research ethics code IR.UMSHA.REC.1396.637 has been approved by research ethics committee at Hamadan University of Medical Sciences. Findings: Of 43 clinical isolates of S. aureus, 11 isolates (25.58%) had mecA gene and 32 isolates (47.41%) lacked the mecA gene. According to different clinical samples, 3 isolates (27.27%) were resistant to methicillin from blood samples, 2 isolates (18.18%) from urine specimens, 2 isolates (18.18%) from wound samples, 2 isolates (18.18%) of the catheter samples, 1 isolate (9.09%) of the abscess and 1 isolate (9.09%) were separated from the nose swab. In the meanwhile, isolates from the wound and urine had the highest mutation in the adenine amino acid as A → T, A → G, A → C, and A → X. Isolates taken from blood have mutations in Guanine amino acid as G → A. Conclusion: There was a significant relationship between type of mutation and type of clinical specimen in methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates.