شناسايي نوكارديا آستروئيدس كمپلكس با استفاده از روش Real Time PCRدر ايزوله هاي باليني

Detection of Nocardia Asteroides Complex in Clinical Isolates by Real-Time Polymerase Chain Reaction

زمينه و هدف: طيف بيماري هاي عفوني ناشي از نوكارديا آستروئيدس كمپلكس بسيار گسترده است.افتراق بين گونه اي اعضاي جنس نوكارديا جهت تعيين پيش آگهي، درمان مناسب و بموقع و همچنين مطالعات اپيدميولوژيك ضروري است. از آن جهت كه هر يك از گونه­هاي نوكارديا الگوي مقاومت آنتي بيوتيكي خاص خود را دارد، دقت روش تشخيصي در درجه اول اهميت قرار دارد. نياز به روش هاي مولكولي با توجه به مزيت هاي آشكاري كه بر روش هاي فنوتيپي و بيوشيميايي دارند براي تشخيص به موقع و دقيق گونه هاي اين كمپلكس كاملا روشن است. در اين مطالعه براي اولين بار از روش Real Time PCR براي افتراق بين گونه اي نوكارديا آستروئيدس كمپلكس استفاده شد. روش كار: از مجموع 25 ايزوله باليني مشكوك به جنس نوكارديا، 10 تعداد ايزوله با استفاده از روش ها بيوشيمياي و فنوتيپي به عنوان نوكارديا آستروئيدس كمپلكس شناسايي شدند. سپس استخراج DNA از 10 ايزوله مشكوك انجام گرفت. كنترل مثبت هر سه گونه با استفاده از سويه هاي استاندارد تهيه شد. Real Time PCR براي هر 10 ايزوله انجام شد. در نهايت محصول تكثير شده گونه­هايي كه با Real Time PCR به عنوان نوكارديا آستروئيدس كمپلكس شناسايي شد، جهت تاييد هويت براي توالي يابي فرستاده شد. نتايج: نتايج توالي يابي نشان داد كه از بين 10 ايزوله باليني مشكوك به نوكارديا آستروئيدس كمپلكس 3 ايزوله مربوط به نوكارديا استروئيدس كمپلكس است. 1 گونه نوكارديا آستروئيدس، 1 گونه نوكارديا فارسينيكا و 1 گونه نوكارديانوا يافت شد. نتيجه گيري: اين مطالعه نشان داد كه روش Real Time PCR نسبت به روش هاي فنوتيپي و بيوشيميايي اختصاصيت و سرعت بيش تري داشته و جهت افتراق بين گونه اي روشي كارآمد محسوب مي شود.

Background and Aims: Nocardia asteroides complex is the most common cause of infectious diseases due to nocardiosis. Interspecies differentiation of Nocardia genera is essential for prognosis and timely proper treatment, as well as for epidemiological studies. Since each genus has its own antibiotic resistance, precise careful diagnosis is of prime importance. As compared to biochemical and phenotypic methods, the efficacy of molecular methods for fast and accurate identification of Nocardia species has been proven. The aim of this study was to detect for the first time Nocardia asteroides complex in clinical isolates using real time polymerase chain reaction (Real-Time PCR). Materials and Methods: Out of the 25 clinical isolates suspected to be Nocardia asteroides genus 10 were identified as Nocardia asteroids complex by biochemical and phenotypic methods, followed by genomic DNA extraction of the suspicious isolates. Nocardia asteroides complex positive controls were prepared using standard strains. Real-time PCR was conducted on all the 10 suspicious isolates. The final real-time PCR samples were sent for sequencing to verify the identified species. Results: Based on sequencing results 3 of 10 clinical isolates suspected to be identified as Nocardia asteroides complex were confirmed as belonging to the Nocardia asteroids complex genera ─ Nocardia asteroids, Nocardia farcinica, and Nocardia nova. Conclusion: This study shows that, as compared to biochemical and phenotypic methods, realtime polymerase chain reaction is faster and more specific, and is considered as an efficient method, for Nocardia interspecies identification and differentiation.