بازسازي، تجزيه و تحليل توپولوژيكي شبكه متابوليكي بافت شكمبه گاو

شكمبه نقش محوري در بازده توليد در نشخواركنندگان دارد. درك فرآيند متابوليسم بافت شكمبه مي‌تواند منجر به بهبود بازده توليد و در نتيجه سود اقتصادي در نشخواركنندگان شود. در پژوهش حاضر، شبكه متابوليكي بافت شكمبه گاو با استفاده از اطلاعات ژنومي و اطلاعات موجود در پايگاه‌هاي داده مختلف، بازسازي شد. نتايج حاصل از بازسازي شبكه شامل 410 آنزيم، 1429 متابوليت به عنوان گره و 1777 واكنش به عنوان يال بود. ويژگي‌هاي اين شبكه‌ي متابوليت محور توسط چند پلاگين نرم‌افزار سايتواسكيپ تجزيه و تحليل شد. 15هاب متابوليت تعيين شد. نتايج جستجو در سايت KEGG pathway نشان داد كه بيشتر هاب متابوليت‌ها شامل: كوآنزيمآ، استيل كوآنزيمآ، د فركتوز 6 فسفات، ابي كينون، سوكسينات، الكترون ترننسفراز فلافوپروتئين، پيروات، تتراهيدروفولات و 2 اگزالارات در واكنش‌هاي مربوط به چرخه متابوليك دخيل هستند. همچنين ژن‌هاي GPAT3، GPAT4، GPAM (2.3.1.15)، ETFDH (2.3.1.41)، CPT1C، CPT1B، CPT1A، CPT2 (2.3.1.21)i در متابوليسم اسيدهاي چرب شركت مي‌كنند كه اين ژن‌ها ممكن است براي بهبود بازده توليد محصولات گاوي ضروري باشند. توزيع درجه گره شبكه از توزيع درجه نمايي پيروي مي‌كند بنابراين ويژگي مقياس آزاد را نشان مي‌دهد. ميانگين طول مشخصه مسير 13.142 و قطر شبكه 38 بود كه نشان مي‌دهد شبكه ويژگي جهان كوچك را نيز دارد. پژوهش حاضر اولين مطالعه با هدف بازسازي شبكه متابوليكي بافت شكمبه است كه ممكن است اطلاعات در جهت درك بيشتر پتانسيل متابوليكي شكمبه را بهبود دهد. هاب متابوليت‌ها در شبكه‌هاي مقياس آزاد نقش معني‌داري در حفظ ثبات توپولوژيك ايفا مي‌كنند به همين دليل بنظر مي‌رسد براي تحقيقات اصلاح نژاد دام مفيد باشند.