ژنوتايپينگ اشريشياكلي ‌هاي جدا شده از نمونه ‌هاي بيمارستاني و آبي با استفاده از روش eric-pcr، در شهرستان همدان

Genotyping of Escherichia coli isolated from human and water samples using ERIC-PCR method in Hamadan city

تايپينگ سريع و دقيق اشريشياكلي براي اطلاع از اپيدميولوژي و كنترل بيماري هاي ناشي از آن، امري لازم و ضروري مي باشد. هدف مطالعه حاضر، تعيين ارتباط ژنتيكي احتمالي در بين جدايه هاي با منابع انساني و آبي اشريشياكلي با استفاده از روش enterobacterial repetitive intergenic consensus (eric)pcr بود.روش تحقيق: اين مطالعه توصيفي تحليلي، در سال هاي 1393 تا 1395 انجام گرفت. جامعه هدف در اين مطالعه، 45 جدايه اشريشياكلي (25 جدايه بيمارستاني و 20 جدايه از استخر شناي سربسته) بود كه همه آنها با استفاده از روش هاي بيوشيميايي و مولكولي تاييد شدند و در ادامه با تكنيك eric-pcr مورد تايپينگ قرار گرفتند.يافته ها: به طور كلي در الكتروفورز محصول eric-pcr، 3 تا 7 باند مختلف در محدوده كمتر از 100 تا بيشتر از 1500 جفت باز مشاهده گرديد. در مجموع 23پروفايل eric-pcr در بين ايزوله هاي مورد مطالعه ديده شد كه شامل 12 پروفايل در بين جدايه هاي انساني و 10 پروفايل در بين جدايه هاي آبي بود و همچنين يك پروفايل بين آنها مشترك بود. براساس نتايج دندروگرام، 2 كلاستر اصلي و 7 دسته (a تا g) مشاهده شد.نتيجه گيري: تمامي جدايه هاي مورد مطالعه با استفاده از روش eric-pcr قابل تايپ بودند و همچنين ميزان تنوع ژنتيكي بالايي در بين جدايه هاي مورد مطالعه ديده شد. وجود پروفايل مشترك در بين جدايه هاي آبي و انساني، نشان دهنده چرخش احتمالي اين جدايه ها بين انسان-آب-انسان مي باشد.

Rapid and precise typing of E.coli is a prerequisite for epidemiological surveillance and controlling of infection caused by this bacterium. The present study was conducted to determine the molecular diversity of E.coli strains isolated from human and swimming pools samples using Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus (ERIC) method. Materials and Methods: This was descriptive-analytic study was conducted, from 2014 to 2016. The target population in this study were 45 isolates of E.coli (25 isolates from human, 20 isolates from swimming pools sample), all of which were confirmed by biochemical and molecular methods. They were then classified using the ERIC-PCR technique. Results: Generally, in ERIC-PCR product electrophoresis, 3-7 different bands were observed in the range of 100 to 1500 bp. A total of 21 ERIC-PCR profiles were found among all of the studied isolates, that included 12 profiles among human isolates and 10 profiles among swimming pools isolates, and there was one similar profile between them. Based on the results of the dendrogram, 2 main clusters and 7 categories (A to G) were observed. Conclusion: All isolates were typed using ERIC-PCR and high genetic diversity was observed among the isolates. On the other hand, the presence of common profiles among both sources indicates the possible rotation of these isolates between human-water-humans.