طراحي بيوانفورماتيكي يك سازه هيبريدي به عنوان كنترل مثبت جهت شناسايي هم‌زمان چهار عامل بيماري‌زا به روش PCR

اهداف: امروزه يكي از مهم‌ترين مشكلات در تشخيص پاتوژن‌هاي انساني، كمبود كنترل مثبت است. ايدۀ استفاده از حامل‌هاي هيبريدي شامل ژن‌هاي پاتوژن‌هاي مختلف، مي‌تواند به اين محدوديت‌ها غلبه كند. ما مي‌توانيم براي هر ناحيه پرايمرهاي اختصاصي طراحي و از حامل‌هاي هيبريدي به عنوان نمونۀ‌ كنترل مثبت در واكنش زنجيره‌اي پليمراز استفاده كنيم. در اين پروژه، ما يك حامل هيبريد و پرايمرهاي مربوطه را براي تشخيص فرانسيسلا، واريولا، بورخولدريا و يرسينيا به‌صورت انفورماتيكي طراحي كرديم. مواد و روش‌ها: در اين مطالعه ژن‌هاي fopA، caf۱، ۱۶srRNA و HA به ترتيب به نمايندگي از فرانسيسلا، يرسينيا، بورخولدريا و واريولا براي قرار‌دادن روي حامل انتخاب شدند. توالي اين ژن‌ها از پايگاه دادۀ NCBI به فرمت FASTA استخراج شد و براي يافتن ناحيۀ حفاظت‌شدۀ هر ژن، در نرم‌افزار BioEdit ۷.۰.۵.۳ هم‌رديف‌سازي شد. سپس تغييرات خاصي در هر منطقه ژني اعمال گرديد و توالي‌ها در كنار يكديگر قرار گرفتند و سازه مدنظر طراحي شد. پرايمرهاي اختصاصي براي هر ناحيه‌ي ژني با استفاده از نرم‌افزارهاي Oligo ۷، BioEdit و همچنين ابزار OligoAnalyzer و پايگاه‌دادۀ NCBI طراحي شد. در پايان در نرم‌افزار SnapGene ۳.۲.۰.۱، سازه‌ در حامل PUC۵۷ همسانه‌سازي شد و واكنش زنجيره‌اي پليمراز روي حامل هيبريدي با استفاده از پرايمرهاي طراحي‌شده، شبيه‌سازي گرديد. يافته‌ها: آناليزها تأييد كردند كه نواحي حفاظت‌شده براي هر ژن روي حامل هيبريدي قرار گرفتند و شبيه‌سازي واكنش زنجيره‌اي پليمراز، صحت پرايمرهاي طراحي‌شده را تأييد كرد. نتيجه‌گيري: يك سازه هيبريدي شبيه‌ساز ژنتيكي به همراه انواع پرايمرهاي مورد نياز براي شناسايي چهار عامل فرانسيسلا، واريولا، بورخولدريا و يرسينيا به‌صورت بيوانفورماتيكي طراحي شده است تا بتوان با استفاده از آن به عنوان كنترل‌ مثبت، در شرايط اضطراري بتوانيم اين‌گونه عوامل را شناسايي كنيم.