پلي مورفيسم ژنومي انتروكوكوس فكاليس جدا شده از موارد باليني با استفاده از دو روش هاي ERIC-PCR و BOX-PCR

Genomic polymorphism of enterococcus faecalis isolated from clinical cases using two methods of ERIC-PCR and BOX-PCR

زمينه ژنوم انتروكوكوس تعداد زيادي توالي تكراري دارد كه به طور تصادفي در طول DNA پراكنده شده‌اند. درERIC-PCR براي هر سويه يك الگوي مجزا به دست مي‌آيد و يك تايپ جداگانه در نظر گرفته مي‌شود. ژنوم پروكاريوتي و يوكاريوتي شامل توالي‌هاي تكراري است كه نسبتا كوتاه و غير كد دهنده هستند. آغازگرهاي BOX-PCR و ERIC-PCR مكمل اين توالي‌هاي تكراري هستند و اجازه مي‌دهد تا اتصال اختصاصي انجام گردد و الگوهاي منحصر به فرد اثر انگشتي BOX-PCR و ERIC-PCR با قابليت توليد مجدد فراهم شود. روش كار در اين مطالعه مقطعي-توصيفي، بر اساس مطالعات قبلي و سطح اطمينان 95% با استفاده از فرمولn= z2P(1-P)/d2 و خطاي قابل قبول 05/0، تعداد 60 سويه انتروكوك فكاليس از نمونه‌هاي باليني جمع‌آوري و در شرايط استريل بر روي محيط KFآگار كشت و مدت 24 ساعت در حرارت 37 درجه سانتي‌گراد گرم‌خانه‌گذاري و به‌وسيله تست‌هاي بيوشيميايي نمونه‌هاي انتروكوك فكاليس تعيين هويت شدند. DNA نمونه‌ها استخراج و آزمايش BOX-PCR وERIC-PCR صورت گرفت. يافته ها نتايج آزمون BOX-PCR و آناليز دندوگرام نشان داد كه، تمامي سويه‌ها در سطح تشابه 58 درصد به 25 كلاستر مجزا قابل تمايز بودند. هم‌چنين نتايج آزمون ERIC-PCR نشان داد كه تمامي سويه‌ها در سطح تشابه 58 درصد به 15 كلاستر مجزا تفكيك شدند. نتيجه‌گيري انگشت‌نگاري مولكولي توسط روش BOX-PCR داراي قدرت تفريق و تمايز بسيار مناسب‌تري نسبت به ERIC-PCR، جهت تايپينگ جدايه‌هاي باكتري‌ها مي‌باشد و داراي كاربرد فراوان در مطالعات اپيدميولوژي و رديابي منبع عفونت و تاكسونومي هستند.

Background The genome of Enterococcus has a large number of repetitive sequences that are randomly distributed over DNA. In ERIC-PCR, a separate pattern is obtained for each strain and is considered a separate type. Prokaryotic and eukaryotic genomes include dispersed repeat sequences that are relatively short non-coding, and dispersed in the bacterial genome. BOX-PCR and ERIC-PCR primers are complementary to these repeat sequences and allow for dedicated binding and unique BOX-PCR fingerprint patterns and ERIC-PCR with reproducibility capability. Methods In this cross-sectional descriptive study, based on previous studies and 95% confidence level using the formula n = z2P (1-P)/d2 and acceptable error 0.05, total of 60 Enterococcal Faecalis strains were cultured from sterile specimens on KF agar medium and incubated at 37°C for 24h and were identified by biochemical tests of suspected Enterococcal Faecalis. DNA samples were extracted and BOX-PCR and ERIC-PCR tests were performed. Results All strains were distinguished in 25 distinct clusters at the level of similarity of 58%. Also, by analyzing the ERIC-PCR results, all strains were segregated into 15 separate clusters at a similar level of 58%. Conclusion Molecular fingerprinting with BOX-PCR has a better subtraction and differentiation than ERIC-PCR for typing bacterial isolates and is widely used in epidemiological studies and trace source of infection and taxonomy.