شناسايي ايندل‌ها در ژنوم سگ و گرگ بومي ايران با روش توالي‌يابي كل ژنوم

حذف و درج (ايندل) يكي از اجزاي اصلي تنوع ژنتيكي و فنوتيپي است كه نسبت به چند ريختي هاي تك نوكلئوتيدي و تنوع هاي ساختاري كمتر مورد توجه قرار گرفته است. به منظور شناسايي ايندل هاي موجود در ژنوم سگ و گرگ ايراني و ارزيابي گروه هاي عملكردي مرتبط با آن ها، 287.5 گيگابايت داده حاصل از توالي يابي كل ژنوم شش قلاده سگ (دو سگ تازي از استان كردستان و يك سگ قهدريجاني از استان اصفهان) و گرگ (از استان هاي تهران، همدان و كرمان) با ميانگين عمق پوشش X 16 و درصد همپوشاني 99.47 با ژنوم مرجع سگ آناليز شد. در اين تحقيق براي افزايش دقت و صحت ايندل هاي شناسايي شده، از الگوريتم قدرتمند شناسايي واريانت (HaplotypeCaller) استفاده شد. بيش از سه ميليون ايندل (باز 73-1) حاصل شد. اكثر ايندل ها (95.18 درصد) كوچك تر از 10 باز بودند. مقايسه نتايج مستند سازي ايندل هاي ژنوم در سگ و گرگ نشان داد كه درصد ايندل هاي ژنوم در نواحي اگزون و ناحيه غير قابل ترجمه (RNA utr ʹ3) در سگ بيش تر از گرگ است. بنابراين فرآيند اهلي سازي احتمالاً سبب افزايش تنوع ژنتيكي در نواحي اگزون و ناحيه غير قابل ترجمه RNA (utrʹ3) شده است.