تأثير كاهش تراكم نشانگرها بر صحت پيش‌‌بيني ژنومي روش‌‌هاي پارامتري

افزايش تعداد نشانگرها (p) به تعداد مشاهدات (n)، نخستين چالش انتخاب ژنومي است (مزاحمت ابعاد؛ p n). لذا پژوهش حاضر با هدف امكان كاهش مزاحمت ابعاد، به بررسي تأثير كاهش تعداد نشانگرها بر صحت پيش‌‌بيني ارزش‌‌هاي اصلاحي ژنوميك روش‌‌هاي پارامتري پرداخته است. بدين منظور، براي هر فرد ژنومي متشكل از 10000 نشانگر تك‌‌نوكلئوتيدي دو آللي (SNP) با فواصل يكسان روي 10 كروموزوم (هريك به طول 100 سانتي‌‌مورگان) شبيه‌‌سازي شد. در اين پژوهش توزيع‌‌هاي متفاوت تأثيرات ژني (يكنواخت، نرمال يا گاما)، سطوح مختلف وراثت‌‌پذيري صفت (0.05، 0.25، 0.45 يا 0.65) و تعداد متفاوت جايگاه‌‌هاي ژني (QTL؛ 100 يا 500) به عنوان فرضيات شبيه‌‌سازي در نظر گرفته شد. سپس در يك سناريوي انتخاب 10 يا 20 درصد نشانگرها به‌‌طور تصادفي انتخاب شدند؛ به‌‌طوريكه براي هر يك از جمعيت‌‌هاي موجود سه ماتريس نشانگري با ابعاد مختلف (همه نشانگرها، 10 يا 20 درصد نشانگرها) تعريف گرديد. مطابق يافته‌‌هاي پژوهش حاضر، به‌‌طوركلي صحت ارزش‌‌هاي اصلاحي ژنوميك به ترتيب تحت اثر ميزان وراثت‌‌پذيري صفت، فاصله نسل از جمعيت مرجع، تراكم نشانگرها، توزيع و تعداد QTLها و مدل آماري قرار داشت (P 0.001). به‌‌طوريكه در هر سه توزيع آثار ژني و با هر فُرم ساختار نشانگري (كاهش يا عدم كاهش تراكم نشانگرها) مشاهده شد كه در نتيجه كاهش وراثت‌‌پذيري صفت و يا افزايش فاصله از جمعيت مرجع ميزان صحت پيش‌‌بيني‌‌ها به طور چشم‌‌گيري تقليل يافت (P 0/05). بررسي اثر كاهش تراكم نشانگرها بر صحت پيش‌‌بيني ژنومي صفات با معماري ژنتيكي متفاوت نشان داد كه جز در مورد صفات با وراثت‌‌پذيري پائين (0.05) و تعداد زياد QTL (500) با توزيع ژني گاما، به‌‌طوركلي كاهش تراكم نشانگري به‌‌طور معني‌‌داري منجر به اُفت صحت پيش‌‌بيني‌‌هاي ژنوميك روش‌‌هاي پارامتري خواهد شد (P 0/05).