نقد به مقاله آناليز منحني ذوب DNA با كيفيت بالا (HRM) به منظور شناسايي استافيلوكوك اورئوس و سويه مقاوم به متي سيلين

Letter to editor Applying High-quality DNA Melting Curve Analysis in Identifying Staphylococcus aureus and Methicillin-resistant Strains

اﻟﺒﺘـــــﻪ ﮐـــــﻪ ﺗﮑﻨﯿـــــﮏ high-resolution melting curve analysis (HR براي شناسايي بسياري از ژن‌ها مورد استفاده قرار مي‌گيرد، ولي با توجه به اين‌كه اين مطالعه براي شناسايي و تشخيص باكتري استافيلوكوكوس آرئوس و ژن مقاوم به متي سيلين در استافيلوكوكوس آرئوس مورد استفاده قرار گرفته است، با اين عنوان معرفي شده است. 2- مقدمه : در خصوص عدم بهره‌گيري از مقالات چاپ شده از ايران طي ده سال اخير كه منتقد محترم به آن اشاره نموده‌اند بايد ذكر شود كه با توجه به اين‌كه هدف شناسايي باكتري استافيلوكوك و سويه مقاوم به متي‌سيلين با روش high-resolution melting curve analysis (HRM)، بوده، نه اپيدميولوژي سويه‌هاي مقاوم به متي‌سيلين آن، بنابراين هم در مقدمه مقاله منابع شماره 11، 12، 14، 16 و هم در قسمت بحث مقاله، منابع شماره 22 الي 26 در زمينه تكنيك HRM صحبت كرده‌اند كه به خوبي از آن‌ها استفاده شده است. در رفرنس شماره 7 نواحي بين 16S-23 S rRNA مورد بررسي قرار گرفته است كه منظور همان نواحي ITS مي‌باشد. ناحيه ITS براي شناسايي جنس و گونه باكتري استافيلوكوكوس آرئوس استفاده مي‌شود، نه براي شناسايي ژن مقاومت به متي‌سيلين، كه البته ممكن است بعضي از سويه‌هاي استافيلوكوكوس آرئوس داراي ژن mec نيز باشند و بعضي ژن mec را نداشته باشند، بنابراين ممكن است ارتباطي بين ژن ITS, و مقاومت به متي‌سيلين وجود نداشته باشد. 3- مواد و روش ها : در ارتباط با رقت‌هاي به كار رفته در انجام مطالعه لازم است ذكر شود كه، همان‌طوري كه در صفحه شماره 86 مقاله قسمت روش كار، بخش حساسيت و اختصاصيت پرايمرها اشاره شده است، تمامي رقت‌هاي تهيه شده بر مبناي 5/0 مك‌فارلند صورت گرفته است و حداقل مقدار آن CFU/ml 00015/0 يا همان 4-10 x 5/1 در نظر گرفته شده است. لزوما تهيه رقت‌هاي كم‌تر از 100 جهت تعيين ميزان حساسيت بوده است كه برخي ديگر از محققين از جمله Ericksen نيز از اين رقت ها استفاده كرده‌اند(1). همان‌طوري كه مستحضر هستيد براي تهيه رقت بايستي OD يا جذب نوري DNA نيز اندازه‌گيري شود كه با دستگاه نانودراپ اين كار انجام شده است. در خصوص مدل ارائه شده براي اختصاصيت در مطالعه حاضر بايد اشاره شود كه، جهت تعيين اختصاصيت پرايمر ITS و mecA در روش HRM، دماي ذوب پرايمر مورد استفاده براي سويه‌هاي استاندارد استافيلوكوكوس آرئوس مقاوم به متي‌سيلين مورد ارزيابي قرار گرفت و با رسيدن به دماي86 و 81 درجه سانتي‌گراد به ترتيب براي پرايمرهاي ITS و mecA، اختصاصيت پرايمرها مشخص شد. البته، با استفاده از ساير باكتري‌ها در كنار سويه‌هاي استاندارد به عنوان كنترل منفي، پرايمرهاي مورد نظر قادر به شناسايي ساير باكتري‌ها در اين دما نبودند. در اين جا صرفا به خاطر جلوگيري از پيچيدگي تصاوير، شكل‌هايي اختصاصي براي اين دو ژن يعني ITS و ژن mecA آورده شده و از ذكر تصاوير ديگر خودداري شده است. 4- يافته ها : در تصوير شماره 1 كه اعداد بالا ذكر شده، تصويرمربوط به ژل آگارز مي‌باشد كه همان‌گونه كه مستحضر هستيد قدرت تفكيك ژل آگارز در مقايسه با روش Real TimePCR بسيار پايين‌تر مي‌باشد كه يك امر بديهي است.

Professor, Department of Medical Microbiology, Faculty of Medicine, Hospital Research Development Committee, Applied Microbiology Research Center, System Biology, Poisoning Institute, Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran, Iran Reply to Letter to editor Applying High-quality DNA Melting Curve Analysis in Identifying Staphylococcus aureus and Methicillin-resistant Strains