شناسايي مولكولي ويروس پيسك توت‌فرنگي (Strawberry mottle virus) از مزارع توت‌فرنگي استان كردستان بر اساس منطقه 3΄NCR

Molecular identification of Strawberry mottle virus in strawberry fields of Kurdistan Province based on the 3΄NCR

در تابستان 1397، علائم ويروسي شامل پيسك، بدشكلي و سوختگي حاشيه برگ­ ها از مزارع توت فرنگي استان كردستان مشاهده و تعداد 48 نمونه برگي جمع­ آوري شد. ابتدا برخي نمونه ­ها به گياه محك Fragaria vesca با استفاده از شته توت­ فرنگي (Chaetosiphon fragaefolii) تلقيح و علايم مطابق با Strawberry mottle virus (SMoV) ظاهر شد. سپس، آر ان ­ا كل از نمونه­ ها با روش سيليكا استخراج و دي ان ا مكمل آن‌ها با آغازگرهاي تصادفي شش­تايي ساخته شد. PCR با آغازگرهاي اختصاصي SMoV- Sm2ncr1a و SMoV-Smdetncr4a انجام و قطعه­ اي به طول 461 جفت باز در 28 نمونه از 48 نمونه فوق تكثير گرديد. به ‌منظور اطمينان از نتيجه RT-PCR و بررسي مشخصات مولكولي، پنج جدايه براساس منطقه جغرافيايي، رقم ميزبان و نوع علايم انتخاب و پس از الحاق به پلاسميد pTG-19 در باكتري Escherichia coliانتقال و پلاسميدهاي نوتركيب همسانه شده تعيين توالي شدند. ميانگين فاصله ژنتيكي در بين جدايه ­هاي در اين تحقيق در سطح نوكلئوتيدي 002/0 ± 005/0 و با ساير جدايه­ هاي موجود در بانك ژن 008/0 ± 084/0 بود. مقايسه دوبه دوي توالي­هاي نوكلئوتيدي نشان داد كه بيشترين و كمترين فاصله ژنتيكي به‌ترتيب ميان جدايه K3 با جدايه NSper51 از كانادا (015/0 ± 093/0) و جدايه SQA يا AG با جدايه NB926 از كانادا (007/0 ± 019/0) وجود داشت.اين اولين گزارش از شناسايي اين ويروس در مزارع توت­فرنگي استان كردستان مي ­باشد.

In the summer of 2018, viral symptoms corresponded to Strawberry mottle virus (SMoV) in some strawberry fields were observed and 48 leaf samples/plants were collected from different fields from Kurdistan Province. In the preliminary test, some samples were inoculated to Fragaria vesca by strawberry aphid (Chaetosiphon fragaefolii) and SMoV-symptoms were observed after about two weeks. Then, total RNA of samples was extracted by silica-capture method and subjected to cDNA synthesize with random hexamer primers. RT-PCR was done by specific SMoV pair primer and amplified fragments were observed on 1.2% agarose gels. RT-PCR results were showed that 28 out of 48 samples were infected by SMoV. Based on the geographical origin, cultivar and symptoms, five isolates were selected, ligated to pTG-19 and transformed to Escherichia coli. Recombinant plasmids were sequenced and analyzed for molecular characterization and phylogenetic studies on SMoV 3΄NCR. Mean genetic distance between the isolates from Iran was 0.005 ± 0.002 but between these isolates and the other isolates available in GenBank was 0.084 ± 0.008. The highest and lowest genetic distance was found between K3 with NSper51 (0.093 ± 0.008) and SQA/AG with NB926 (0.019 ± 0.017) from Canada, respectively. This is the first report on occurrence of SMoV on strawberry in Kurdistan Province.