شناسايي و بررسي تنوع ژنتيكي ويروس لكه‌حلقوي بافت مرده هسته‌دارها (Prunus necrotic ring spot virus) در درختان ميوه هسته‌دار و دانه‌دار استان كردستان

به منظور شناسايي مولكولي و بررسي تنوع ژنتيكي عامل لكه حلقوي بافت مردۀ درختان هسته دار،شمار 149 نمونۀ برگي از درختان ميوۀ هسته‌دار و دانه‌دار استان كردستان هنگام بهار و تابستان سال‌هاي 1394 و 1396 به‌منظور شناسايي مولكولي و بررسي گوناگوني ژنتيكي عامل لكه حلقوي بافت مردۀ درختان هسته‌دار جمع‌آوري شدند و با آغازگرهاي اختصاصي ژن پروتئين پوششي PNRSVF3/PNRSVR3 آزمون RTPCR شدند. نتيجه‏ها RTPCR نشان دادند كه 20.8 درصد از نمونه‌ها آلوده به PNRSV بودند. سيزده جدايه بر پايۀ نوع ميزبان و منطقۀ جغرافيايي گزينش و پس از تكثير و پيوست بخشي از ژن پروتئين پوششي آن‌ها به پلاسميد pTG19 و همسانه‌سازي در باكتري E. coli تعيين توالي شدند. توالي‌هاي به‌دست‌آمده در سطح نوكلئوتيدي به‌طور ميانگين 0.002 ± 98.9 درصد با يكديگر و 0.006 ± 94.4 درصد با ديگر جدايه‌هاي موجود در بانك ژن همانندي نوكلئوتيدي نشان دادند. در واكاوي تبارزايي بر پايۀ ترادف نوكلئوتيدي جدايه‌هاي PNRSV در سه گروه تبارزايي PV96، PV32 و PE5 قرار گرفتند كه سيزده جدايۀ اين پژوهش به همراه بيشتر جدايه‌هاي ايراني در گروه تبارزايي PV96 قرار گرفتند. بيشترين همانندي نوكلئوتيدي ميان جدايه‌هاي هلو از كامياران (KH10)، زردآلو از سنندج (SZ93) و هلو از دهگلان (D7) با جدايۀ شليل از ايران (KX353935) با 98 درصد و كمترين همانندي نوكلئوتيدي ميان جدايۀ زردآلو از سنندج (SZ26) با جدايۀ آلو از لهستان (DQ983499) با 83.6 درصد همانندي ديده شد. نسبت‌هاي كم جانشيني مترادف به غير مترادف (dN/dS) در ژن پروتئين پوششي اين ويروس روشنگر اين نكته است كه گزينش منفي نقش بزرگي را در فرگشت اين ژن بازي كرده است و بررسي نوتركيبي با نرم‌افزار RDP v.4.63 نيز نشان داد كه در جدايه‌هاي موردبررسي در اين پژوهش نوتركيبي در اين بخش از ژنوم رخ نداده است.