بررسي آلودگي ارقام مختلف نيشكر به ويروس موزاييك نيشكر (SCMV) در استان خوزستان

ويروس موزاييك نيشكر (SCMV) يكي از بيماري‌هاي مهم گياه نيشكر است. در اين پژوهش غربال‌گري بيماري ويروس موزاييك نيشكر در ارقام وارداتي و نمونه‌هاي موجود در داخل با روش‌هاي مولكولي مبتني بر اسيد نوكلئيك انجام شد. در سال زراعي 94-1393، نمونه‌هاي داراي علائم بيماري از 90 رقم مختلف مربوط به شش كشتخوان نيشكر جمع‌آوري و بخش‌هايي از پهنك آن‌ها جداسازي شدند. نمونه‌ها در شرايط سرماي خشك انجمادي و در ازت مايع پودر شدند. آغازگر مناسب جهت تكثير حدود 1040 جفت باز از ناحيۀ پروتئين پوششي و پروتئين NIb طراحي و با استفاده از روش RT-PCR تكثيرشد. از بين 90 نمونۀ موردبررسي، 10 نمونۀ نيشكر با توليد قطعات تكثيري موردانتظار آلوده به ويروس موزاييك نيشكر بودند. اين نمونه‌ها مربوط به ارقام IRC9906، V584 و Q58 از موسسۀ تحقيقات و آموزش توسعۀ جانبي نيشكر خوزستان، IRC99-09، IRC00-21 و 4380-3 از كشت و صنعت سلمان فارسي، CP80-1557 و V68-74 از كشت و صنعت امام خميني و دو رقم نامشخص بودند. چهار نمونه از قطعات تكثيري به‌صورت دو جهته و مستقيم توالي‌يابي و در بانك ژن ذخيره شدند. جستجوي بلاست توالي‌هاي مربوط به چهار جدايۀ رديابي‏شدۀ Kh40، Kh41، Kh44 و Kh28 نشان داد كه اين جدايه‌ها داراي بيشترين شباهت به جدايه‏هاي ايراني و آرژانتيني هستند. درخت فيلوژنتيكي ترسيمي با استفاده از الگوريتم درست‌نمائي بيشينهنشان داد كه جدايه‌هاي ايران احتمالاً از جمعيت‌هاي آرژانتين و چين منشأ گرفته‌اند.