بررسي بيوانفورماتيك ژن هاي خانه دار در افتراق مايكوباكتريوم هاي سريع الرشد

مقدمه:مايكوباكتريوم‌هاي سريع‌الرشد (RGM: Rapid Growing Mycobacterium) قادر هستند عفونت‌هاي ريوي، لنفاوي، پوست و بافت نرم را در انسان به وجود آورند. ما مي‌توانيم با استفاده از ژن‌هاي خانه‌دار، اين گروه از باكتري‌ها را شناسايي كنيم. در اين ارتباط، هدف از پژوهش حاضر مقايسه و ارزيابي سه ژن خانه‌دار در شناسايي و طبقه‌بندي برخي از مايكوباكتريوم‌هاي سريع‌الرشد با استفاده از درخت فيلوژنيك بود.   مواد و روش‌ها:براي انجام اين مطالعه ابتدا توالي‌هاي سه ژن 16SrRNA، hsp65و rpoBبراي 10 گونه سريع‌الرشد مايكوباكتريومي از پايگاه‌هاي NCBI (National Center for BiotechnologyInformation)، RDP (RemoteDesktopProtocol) و EMBL (EuropeanMolecularBiologyLaboratory) دريافت شد. سپس اين توالي‌ها توسط نرم‌افزار CustalWهم‌طراز گرديدند و درخت فيلوژنيك با استفاده از برنامه MEGA5ترسيم گشت. يافته‌ها:بر مبناي نتايج، الگوي شناسايي و افتراق هر ژن متفاوت بود. ژن 16SrRNAقادر به شناسايي و افتراق مايكوباكتريوم‌هاي سريع‌الرشد بيماري‌زايي چون مايكوباكتريوم آبسسوس (Abscessus) و چلونه (Chelonei) نبود. به‌طور كلي، ژن rpoBنسبت به ساير ژن‌ها بهتر عمل كرد؛ اگرچه قادر به شناسايي مايكوباكتريوم نووكاسترنس (novocastrense) نبود. نتيجه‌گيري:به‌منظور شناسايي كامل و صحيح مايكوباكتريوم‌هاي سريع‌الرشد بايد هر سه ژن 16SrRNA، rpoBو hsp65به‌طور همزمان مورد مطالعه قرار گيرند.