تهيه نقشه ژنتيكي اشباع جمعيت لاين هاي اينبرد نوتركيب گندم نان بهاره با استفاده از روش ارزيابي ژنوتيپي با توالي يابي (Genotyping by Sequencing)

Construction of high density linkage map in spring bread wheat recombinant inbred lines using genotyping by sequencing (GBS) method

نقشه هاي ژنتيكي اشباع لازمه مكان يابي دقيق مكان هاي ژني كنترل كننده صفات كمي مي باشند. در اين مطالعه، نقشه ژنتيكي اشباع جمعيت لاين هاي اينبرد نوتركيب گندم نان بهاره حاصل از تلاقي رقم Yecora Rojo و ژنوتيپ بومي No. 49 با استفاده از روش ارزيابي ژنوتيپي با توالي يابي (GBS) تهيه شد. براي شناسايي چندشكلي هاي تك نوكليوتيدي (SNPs)، توالي يابي والدين و لاين هاي اينبرد نوتركيب به صورت تكرار دار در سه لاين دستگاه ايلومينا Illumina Hiseq 2500 انجام شد. در مجموع، بيش از 36 هزار SNP شناسايي شد كه 804 SNP به هيچ گروه كروموزومي منتسب نشد. از اين تعداد SNP، 3042 به زيرژنوم A، 3977 به زيرژنوم B و 769 SNP به زيرژنوم D تعلق داشتند. پس از حذف SNPهايي با داده گمشده بيش از 20 درصد، فراواني آلل نادر كمتر از 5 درصد و نيز داراي انحراف تفرق از نسبت مندلي 1:1، تعداد 5831 نشانگر SNP شناسايي و به 21 كروموزوم گندم منتسب شد. اين نشانگرها، 3642/14 سانتي مورگان از ژنوم گندم را با متوسط فاصله 0/62 سانتي مورگان بين دو نشانگر مجاور پوشش دادند.

High density linkage maps are essential for precise mapping of gene loci controlling quantitative traits. In the present study, a high density linkage map of spring wheat recombinant inbred lines population derived from a cross between Yecora Rojo and No. 49 was constructed using genotyping by sequencing (GBS) method. To identify single nucleotide polymorphisms (SNPs), sequencing of parents and recombinant inbred lines was carried out at three lanes of Illumina Hiseq 2500. In total, more than 36 thousand SNP were identified of which 804 SNPs were not aligned to any wheat chromosome. Among these SNPs, 3042, 3977 and 769 SNPs were belonged to A, B and D sub genomes, respectively. After removing SNPs with ≥20% missing data and minimum allele frequency ≤0.05 as well as loci segregating from 1:1 Mendelian ratio, in total 5831 polymorphic SNPs identified and assigned to 21 chromosomes of wheat. These markers spanned 3642.14 cM of the wheat genome with an average marker density of 0.62 (markers/cM).