مطالعه چند شكلي در ژن ATP1A1 و ارتباط آن با صفت نرخ باروري درگاوهاي هلشتاين و سرابي

Study of polymorphism in the ATP1A1 gene and its association with conception rate in Holstein and Sarabi breeds

هدف از اين تحقيق، مطالعه چند شكلي در ژن ATP1A1 و ارتباط آن با صفت نرخ باروري در گاوهاي هلشتاين و سرابي بود. به اين منظور از 124 راس گاو شيرده شامل 72 راس هلشتاين و 52 راس گاو سرابي خون گيري انجام شد. استخراج DNA با استفاده از روش بهينه يافته نمكي انجام پذيرفت. كميت و كيفيت DNA هاي استخراجي با استفاده از الكتروفورز و اسپكتروفتومتري صورت پذيرفت. با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي تكثير قطعه 330 جفت بازي از ناحيه مذبور انجام گرفت و براي شناسايي چندشكلي در ناحيه مذكور از روش تفاوت فرم فضايي رشته هاي منفرد (SSCP) استفاده شد. در نهايت جهت شناسايي چندشكلي تك نوكليوتيدي (SNP) از هر الگوي باندي متفاوت چند نمونه جهت توالي يابي ارسال شد. نتايج حاصل از توالي يابي و هم رديف سازي با توالي ثبت شده در NCBI نشان داد كه در اين ناحيه دو SNP وجود دارد كه يكي از اين جهش ها در ناحيه اينترون و ديگري در ناحيه اگزون اتفاق افتاده است و جهش اتفاق افتاده در ناحيه اگزون تغييري در اسيد آمينه و پروتيين حاصل از اين ژن ايجاد نمي كند. براي بررسي ارتباط بين اين جايگاه ها با صفت نرخ باروري الگوهاي باندي (هاپلوتايپ) در مدل قرار گرفت كه نشان داد بين هاپلوتايپ هاي مشاهده شده و صفت نرخ باروري ارتباط معني داري وجود ندارد.

The objective of this study was the detection of polymorphism in ATP1A1 gene and its association with conception rates in Holstein and Sarabi cows by PCR-SSCP method. For this purpose, blood samples were taken from 124 cows. DNA was extracted from whole blood using modified salting-out method and polymerase chain reactions were performed for amplification of 330bp fragment of the bovine ATP1A1gene. The polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) method was used to scan for the mutations within the amplified regions. Subsequently, a numbers of samples per each band pattern were sequenced for identification of Single Nucleotide Polymorphism (SNP). The results of the sequencing and alignment using available sequences in NCBI two SNPs in the ATP1A1 gene that one of those was located in exon14 and another one in intron14 area and the mutation located in exon area was along with no changes in amino acid and obtained protein of this gene. For evaluating of association between this locations and conception rate trait, the band pattern (haplotype) were considered in the model. The results showed that the observed haplotypes in the ATP1A1 gene is not significantly correlated with conception rate.