عنوان مقاله :
ارزيابي صحت ارزش‌هاي اصلاحي ژنومي برخي صفات اقتصادي جمعيت گاوهاي هلشتاين ايران با استفاده از SNP ها و بلوك هاي هاپلوتايپي
عنوان به زبان ديگر :
Evaluation of prediction accuracy of the genomic breeding values of some economic traits in Iranian Holstein cattle using SNP markers and haplotype blocks
پديد آورندگان :
رجبي مرند، بهزاد دانشگاه تهران، پرديس ابوريحان , مرادي شهربابك، حسين دانشگاه تهران - پرديس ابوريحان , صادقي، مصطفي دانشگاه تهران - پرديس ابوريحان , عبدالهي آرپناهي، رستم دانشگاه تهران - پرديس ابوريحان
كليدواژه :
نشانگرهاي SNP , عدم تعادل پيوستگي , صحت پيش‌بيني , بلوك‌هاي هاپلوتايپي مبتني بر LD , انتخاب ژنومي
چكيده فارسي :
هدف پژوهش حاضر، بررسي صحت ارزش‌هاي اصلاحي ژنومي (GEBV) بدست آمده براي دو صفت اقتصادي مهم توليد شير و امتياز سلول هاي بدني با استفاده از SNPها و بلوك‌هاي هاپلوتايپي مبتني بر LD به كمك دو روش آماري GBULP و بيز B بود. اطلاعات ژنوتيپي مربوط به 1654راس گاو نر كه با استفاده از تراشه‌هايي با تراكم‌هاي مختلف تعيين ژنوتيپ شده بودند مورد استفاده قرار گرفت. صحت ارزش‌هاي اصلاحي بدست آمده هنگام استفاده از SNPها حاكي از برتري بيز B نسبت به GBLUP بود، به طوري كه براي صفت توليد شير و امتياز سلول‌هاي بدني صحت ارزيابي‌ها با استفاده از GBLUP به ترتيب برابر 54/3 و 43/7 درصد و براي روش بيز Bبه ترتيب برابر 57/7 و 44/2 درصد بود. براي صفت توليد شير، صحت پيش‌بيني‌هاي حاصل با استفاده از بلوك‌هاي هاپلوتايپي در هر دو روش آماري، بالاتر از صحت حاصل هنگام استفاده از SNPها بود در حالي كه براي صفت امتياز سلول‌هاي بدني، اين افزايش صحت، زماني كه از روش آماري GBLUP استفاده شد مشهود بود ولي هنگام استفاده از روش بيز B اين برتري تنها زماني بدست آمد كه مقدار آماره 2r مورد استفاده براي تشكيل بلوك‌ها بالاتر از 0/2 بود. نتايج نشان داد كه سطح بهينه آماره2r براي تشكيل بلوك‌هاي هاپلوتايپي بستگي به نوع صفت و وراثت پذيري آن دارد ولي در مجموع، استفاده از آماره2r بيشتر از0/2جهت تشكيل بلوك‌هاي هاپلوتايپي، مي‌تواند منجر به افزايش صحت ارزش‌هاي اصلاحي ژنومي در هر دو صفت در مقايسه با استفاده از SNPها شود.
چكيده لاتين :
The aim of current study was to evaluate the accuracy of genomic breeding values (GEBV) for two important economical traits of milk yield and somatic cell score using SNP markers and LD-based haplotype blocks (haploblocks) by two statistical methods of GBULP and Bayes B. The data set consisted of 1654 bulls genotyped with different marker densities. When SNPs were used, the accuracy of breeding values obtained by Bayes B was better than GBLUP. In other words, for milk yield and somatic cell score traits, the prediction accuracy of GBLUP was 0.54 and 0.44 and by Bayes B was 0.58 and 0.44,
عنوان نشريه :
توليدات دامي
