تعيين توالي كامل جدايه ايراني ويروس موزاييك چغندرقند

Full genome sequencing of Iranian isolate of Beet mosaic virus

ويروس موزاييك چغندر (Beet mosaic virus, BtMV)، تنها پوتي‌ويروس آلوده‌كننده چغندرقند بوده و امروزه در سراسر چغندركاري‌هاي جهان پراكنش دارد. در مطالعه حاضر ژنوم كامل جدايه‌اي از اين ويروس (Ir-VRU) با استفاده از آغازگرهاي دژنره عمومي پوتي‌ويروس‌ها، آغازگرهاي اختصاصي طراحي شده و همچنين روش 5'-RACE براي اولين بار در ايران توالي يابي شد. ژنوم كامل جدايه ايراني BtMV، بدون در نظر گرفتن دنباله poly-A، 9591 باز طول داشته، و بخش‌هاي 5'-UTR و 3'-UTR به ترتيب 165 و 168 باز مي‌باشند. موتيف‌هاي معمول، چارچوب ژني پلي‌پروتئين و PIPO در اين جدايه شناسايي گرديد. كد شدن پلي‌پروتئيني به طول 3086 آمينواسيد و نه جايگاه برش در اين پلي‌پروتئين پيش بيني گرديد. بربررسي‌ها بر روي پنج جدايه مختلف BtMV نشان داد كه جدايه ايراني يكساني زيادي به دو جدايه آلماني و چيني داشته و از طرف ديگر بيشترين تفاوت را با جدايه آمريكايي نشان مي‌دهد. تحليل تبارزائي نيز جدايه Ir-VRU را به‌عنوان يك عضو از سوپر گروه BCMV نشان مي‌دهد.

Beet mosaic virus (BtMV), the only potyvirus infecting beets, is distributed worldwide in beet growing areas. Here we report the full-length genome sequence of a BtMV isolate from Iran (Ir-VRU), which has enabled us to better understanding the evolutionary history of the virus. The complete nucleotide sequence of Ir-VRU genome was determined using degenerate and specific primers and 5'-RACE and The complete genomes consisted of 9591 nucleotides, excluding the poly-A tails. The genome has a 165 nt 5´-UTR and a 168 nt 3´-UTR. The RNA of Ir-VRU potentially encodes a single polyprotein of 3086 amino acid residues and has a deduced genome organization typical for members of the genus Potyvirus. Study on five different BtMV isolates showed that Iranian isolate closelly related to German and Chinese isolates, and on the other hand, it showed more differences with American isolate. Phylogenetic analysis, along with other potyviruses, also presents the Ir-VRU as a member of the BCMV supergroup.