بررسي تفاوت بيان ژن RASGRP3 در پاسخ پرنده به آنفلوانزا نسبت به پرنده‌ي سالم با استفاده از آناليز داده‌هاي بيان ژن و PCR كمي

Study of differential expression of RASGRP3 in the bird’s response to AIV infection compared to non-infected birds using transcriptomic analysis and real-time PCR

ژن RASGRP3 يكي از ژن­هايي است كه اثرگذاري آن بر پيامد آلودگي آنفلوانزا در ميزبان بسيار محتمل است. اين ژن پاسخ التهابي را كاهش داده و در واقع آستانه­اي براي ممانعت از پاسخ التهابي شديد كه منجر به آسيب بافت­هاي ميزبان مي ­شود، تنظيم مي ­نمايد. به منظور بررسي دخالت اين ژن در پاسخ ميزبان به آنفلوانزا از آناليز داده ­هاي ترنسكريپتوم موجود در پايگاه ­هاي داده­اي و سپس PCR كمي استفاده نموديم. در اين راستا از سه مطالعه­ ي مرتبط با بيان ژن­هاي ميزبان در پاسخ به آنفلوانزا استفاده شد تا تغييرات بيان ژن مورد نظر در حالت آلودگي نسبت به حالت سلامت، مورد بررسي قرار گيرد. سپس بر روي نمونه ­هاي آلوده شده با سويه­ ي H5N1، PCR كمي انجام گرديد. آناليز داده ­هاي ترنسكريپتوم در نرم ­افزار R و با استفاده از پكيج MetaDE و روش آماري Fisher، تفاوت بيان ژن RASGRP3 را با احتمال بسيار بالا تأييد نمود. نتايج Real-time PCR نشان داد كه اين ژن در پاسخ به سويه­ ي H5N1 به طور معني ­داري كاهش بيان يافت. اين نتايج نشان مي­ دهد ژن RASGRP3 از ژن­هاي كانديد قوي در مكانيزم تنظيمي پاسخ ميزبان به آنفلوانزاست كه مي­تواند با دخالت در مكانيزم دفاعي ميزبان منجر به تنظيم شدت پاسخ به آلودگي شده و بر پيامد آلودگي و بقاي پرنده پس از جدال با ويروس اثر بگذارد.

RasGRP3 is one of the genes which are probably effective in the outcome of influenza infection. This gene reduces the inflammatory response and sets a threshold to decrease intensive response which usually causes harm to host tissues. In order to evaluate the role of this gene in the host response to Influenza infection, we analyzed transcriptomic data available in data banks and then performed Real-time PCR. We used 3 transcriptomic experiments to study the gene expression changes through infection compared to control groups. Then, we performed Real-time PCR on H5N1 infected samples. Transcriptomic data analysis using R software and MetaDE package via Fisher statistical method confirmed the differential expression of RasGRP3 significantly. Real-time PCR results indicated that RasGRP3 was down regulated in response to H5N1, significantly. The results show that RasGRP3 is one of the strong candidate genes in host regulatory mechanisms against Influenza infection which can set the intensity of host response through regulating the defensive system and can also affect the outcome of infection and survival.