بررسي داكينگ داروهاي مجوزدار غير ويروسي به‌منظور دست‌يابي به‌ مهاركننده‌هاي جديد ورود و تكثير ويروس ابولا

Molecular Docking Study of Anti-viral FDA-approved Drugs as Novel Entry and Replication Ebola Viral Inhibitors

به دليل قدرت و شيوع بالاي عفونت زايي و عدم داروي مناسب ويروس ابولا طي سال هاي اخير، پژوهش هايي در خصوص كشف و معرفي داروهاي ضد ابولا انجام شده است. هدف از اين پژوهش بررسي بيوانفورماتيكي مهار ورود و تكثير ويروس ابولا توسط داروهاي مجوزدار غير ويروسي است.مواد و روش ها: اين پژوهش به روش توصيفي تحليلي انجام گرفت. براي انجام اين بررسي بيوانفورماتيكي، در ابتدا ساختار شيميايي تركيبات با استفاده از نرم افزار chemdraw ultra10.0 ترسيم شد سپس به منظور بهينه سازي انرژي، به نرم افزار hyperchem8 انتقال يافت. مطالعات داكينگ به وسيله نرم افزار autodock4.2 انجام شد و در مرحله نهايي، مورد آناليز و تجزيه وتحليل قرار گرفت.نتايج: يافته هاي مطالعه حاضر نشان داد كه پيوندهاي درگير در اتصال دارو با گيرنده ها، پيوند هيدروژني، اتصالات هيدروفوبي،π-π و كاتيون -π مي باشند. در ميان تمام تركيبات موردمطالعه، بهترين نتايج داكينگ مربوط به داروهاي آمودياكين، ديفنوكسيلات و كلروكينون است. در حقيقت اين سه دارو با منفي ترين سطح انرژي اتصال تمايل بيشتري براي اتصال به اسيدهاي آمينه جايگاه اتصال پروتئين هاي gp و vp40 دارند. ضعيف ترين نتايج داكينگ مربوط به دو داروي ديريترومايسين و اريترومايسين است زيرا هيدروفيليسيته اين دو دارو بسيار زياد است. به طوركلي، وجود بخش هاي هيدروفوب، آمين نوع سوم و پيوندهاي هيدروژني بهينه باعث افزايش قدرت ضد ابولاي داروها مي شود.نتيجه گيري: بر اساس نتايج به دست آمده از مطالعات بيوانفورماتيكي، تمام داروها تاثيرات مهاري خوبي را در جايگاه اتصال گيرنده ها از خود نشان مي دهند و مي توانند به عنوان مهاركننده هاي موثر ورود و تكثير ويروس ابولا مطرح شوند.

Because of the reported high ability of virulence and the lack of appropriate drug of Ebola virus during the last decades, many investigations have been accomplished regarding discovery and the introduction of anti-Ebola drugs. The aim of this research was the bioinformatical study of entry and replication of Ebola viral inhibition by drug repurposing. Materials & Methods: It is a descriptive-analytic study. In order to investigate the mode of interaction of the compounds with GP and VP40 binding sites, the chemical structures of all compounds were designed using ChemDraw program, then were transferred into Hyperchem software for energy minimization. Molecular docking simulation was accomplished using AutoDock 4.2 program. Results: Docking results revealed the hydrophobic, hydrogen bond, π-π and π-cation contacts were involved in the drug-protein interactions. Among all the studied drugs, the best docking results were related to Amodiaquine and Diphenoxylate drugs displayed. Actually, this compounds had the most negative ΔGbinding that indicated suitable modes and favorable interactions with the amino acid residues at the binding site of GP and VP40. The weakest docking results were exhibited for Dirithromycin and Erythromycin drugs due to the high hydrophilic character of them. In general, the presence of hydrophobic portions, tertiary amines, and optimal hydrogen bonds increases the strength of anti-Ebola medications. Conclusion: According to the results of the molecular docking, the entire FDA-approved drugs revealed a good inhibition effect on entry and replication Ebola viral.