شبيه سازي برهمكنش آنزيم فومارات ردوكتاز با نيزاتيدين و مقايسه آن با اثر مهاركنندگي تعدادي از تركيبات گياه بومادران براي بالا بردن اثر مترانيدازول بر روي Helicobacter pylori در Insilico

Simulation of the interaction of the enzyme Fumarate reductase with Nizatidine and comparison with the inhibitory effect some Yarrow compounds of the plant to enhance the effects of Metronidazole on Helicobacter pylori in Insilico

هليكوباكتر پيلوري يك باكتري ميكروآئروفيل و مارپيچي شكل است كه در مخاط معده ساكن است و عامل عمده زخم و ورم معده است. به‌تازگي اثر چند دارو ازجمله داروي نيزاتيدين در مهار فعاليت FRD در هليكوباكتر پيلوري نشان داده ‌شده است كه رشد سلولي را متوقف مي‌كند و منجر به مرگ سلول مي‌شود هدف از اين مطالعه، مقايسه و ارزيابي اثرات ضد باكتريايي تعدادي از تركيبات گياه بومادران بر روي آنزيمFRD با استفاده از داكينگ مولكولي و شبيه‌سازي ديناميك مولكولي بود. ساختار سه‌بعدي تعدادي از تركيبات بومادران با نرم‌افزارگاوسين كشيده و بهينه شده و نحوه‌ي اتصال اين تركيبات (انرژي اتصال) به آنزيم FRD پس از مدل‌سازي ساختار سه بعدي آنزيم با نرم‌افزار مدلر (Modeller10.14) بررسي شد و براي ارزيابي و مقايسه ي نتايج اتصال تركيبات بومادران روي آنزيم FRD از داروي نيزاتيدين كه اثر آن روي FRDثابت ‌شده است در مطالعات داكينگ استفاده شد و سپس از بين تركيبات بومادران، سه تركيب كه بالاترين انرژي اتصال داشتند براي شبيه‌سازي ديناميك مولكولي بر روي آنزيم FRD انتخاب شدند. شبيه‌سازي ديناميك ملكولي با استفاده از كمپلكس با بهترين حالت اتصال به‌دست ‌آمده از داكينگ انجام گرفت بعد از 10 نانوثانيه شبيه سازي محاسبات جذرميانگين مربعات جابجايي (RMSD) اسكلت اصلي آنزيم FRD نشان داد كه دركل شبيه‌سازي‌ها تقريباً مشابه و يكنواخت مي‌باشد كه نشان مي‌دهد آنزيم درطي شبيه‌سازي پايداربوده است؛ ومحاسبه ي فاصله ي مركزجرم نيز بيان داشت كه تركيب تيمول كم‌ترين فاصله را باآنزيم از بين سه تركيب دارد وبهترين تأثير را مي‌گذارد.

Helicobacter pylorus is a spiral-shaped bacterium that is Microaerophilic and gastric ulcer and gastritis is still a major factor. Fumarat reductase (FRD), a key enzyme in the anaerobic respiration Helicobacter pylori. Recently, the effect of some medications, including drug nizatidine inhibit FRD activity in H. pylori has been shown to inhibit cell growth and leads to cell death The aim of this study was to compare the antimicrobial effects of compounds on enzyme FRD yarrow plant molecular docking and molecular dynamics simulations are used. For this purpose, three-dimensional structure of compounds taken yarrow and optimized with Gaussian software and how to connect the components (energy connection) FRD enzyme was determined after modeling three-dimensional structure of the enzyme with the application Mdlr (Modeller10.14) and to evaluate and compare the results of yarrow compounds bind to the enzyme FRD of Nizatidine drug that has proven its effectiveness on FRD were used in docking studies and then yarrow compounds, three compounds had the highest binding energy for molecular dynamics simulations on FRD were selected enzymes. Complex molecular dynamics simulations using the best connection from docking were obtained after 10 nanoseconds of simulation showed that the calculated root mean square displacement (RMSD) fumarate reductase enzyme backbone of the entire simulation is almost homogenous. Indicating that the enzyme was stable during the simulation; Calculation distance of the center of gravity low thymol also stated that the distance between the three combined to better the enzyme's effect.