برهم‌كنش بين پپتيد ضدميكروبي ‌پارداكسين با غشاي D‌PPC ‎‌ به كمك ‌شبيه‌سازي ديناميك مولكولي

اهداف: به‌دليل ظهور مقاومت‌هاي دارويي در سلول‌هاي سرطاني عليه داروهاي رايج، امروزه توجه زيادي به توسعه داروهاي ضدسرطان با مكانيزم‌هاي عملكرد جديد معطوف شده است. پارداكسين يك پلي‌پپتيد نوروتوكسيك با خاصيت دوگانه‌دوستي است. هدف تحقيق حاضر بررسي برهمكنش پپتيد ضدميكروبي پارداكسين با غشاي دولايه DPPC (متشكل از ۱و۲ دي‌پالميتوئيلاس‌انگليسرو۳فسفاكولين) مدل با استفاده از شبيه‌سازي‌هاي ديناميك مولكولي بود. مواد و روش‌ها: در مطالعه شبيه‌سازي حاضر شبيه‌سازي‌ها براي محيط‌هاي غشايي مختلف تحت شرايط pH خنثي طراحي شد. ابتدا سيستم عامل لينوكس براي نصب نرم‌افزار گرافيكي VMD ۱.۸.۶ (ديناميك مولكولي ويژوال) به ‌كار رفت. سپس نرم‌افزار گرومكس ۴.۵.۵ براي انجام همه شبيه‌سازي‌ها استفاده شد. ساختار pdb پپتيد مورد نظر (۱XC۰) از بانك اطلاعاتي پروتئين تهيه شد و در شبيه‌سازي پپتيد ليپيد از دولايه ليپيدي DPPC استفاده شد. يافته‌ها: در مدت ۵۰۰نانوثانيه شبيه‌سازي، پپتيد به داخل غشا نفوذ كرد. در سيستم DPPC تعداد پيوندهاي هيدروژني بين پپتيد و دولايه ليپيدي ابتدا افزايش پيدا كرد و سپس تا پايان شبيه‌سازي تقريباً ثابت باقي ماند و متناسب با تعداد پيوندهاي هيدرژني بين پپتيدها و آب به‌مرور زمان كاهش پيدا كرد. پارداكسين با سطح غشا تماس و به غشا وارد شد. در حضور پپتيد، ضخامت غشا و محدوده هر ليپيد كاهش ولي ضريب نفوذ غشا افزايش يافت. نتيجه‌گيري: مكانيزم عمل پارداكسين به ساختار دولايه غشايي وابسته است، به‌طوري كه پپتيد پارداكسين با سطح غشاي دولايه ليپيدي DPPC تماس و به آن وارد مي‌شود.