بررسي بيوانفورماتيكي توالي ژن اينتگراز ويروس‌هاي HIV-1 در بيماران ايراني

اهداف: مهاركننده‌هاي متعددي براي مهار ويروس HIV۱ معرفي شده‌اند ولي به‌علت وجود نمونه‌هاي مقاوم به درمان اكثر اين تلاش‌ها بي‌نتيجه مانده است. هدف از مطالعه حاضر نيز بررسي موتاسيون‌هاي مقاومت به درمان در ژن اينتگراز ويروس ايدز و تاثير اين موتاسيون‌ها بر ساختار، عملكرد و ويژگي‌هاي فيزيكي و شيميايي اين آنزيم با استفاده از نرم‌افزارهاي بيوانفورماتيكي بود.مواد و روش‌ها: ۳۶ توالي مربوط به ژن اينتگراز ويروس HIV۱ در بيماران ايراني، از بانك ژني NCBI دريافت شد و پس از تعيين موتاسيون‌ها در مقايسه با توالي مرجع، تغييرات پس‌ترجمه‌اي و خواص فيزيكي و شيميايي آن مشخص شد. ساب‌تايپ توالي‌ها و همچنين ساختار دوم و سوم و برهم‌كنش‌هاي ممكن اين آنزيم با مهاركننده‌هاي اصلي اينتگراز بررسي شد.يافته‌ها: بررسي توالي‌هاي انتخاب‌شده نشان‌دهنده موتاسيون‌هاي متعددي در اين پروتئين بود. ساب‌تايپ غالب نمونه‌هاي مورد بررسي A۱ بود و نتايج برهم‌كنش‌ها نشان داد موتاسيون‌هاي موجود در نمونه‌ها هيچ‌گونه تاثير معني‌داري بر برهم‌كنش مهاركننده‌ها با آنزيم اينتگراز ندارند.نتيجه‌گيري: دمين كاتاليتيك آنزيم اينتگراز محل اتصال اغلب مهاركننده‌هاي اين آنزيم است كه اغلب موتاسيون‌ها در ناحيه‌اي خارج از اين دمين قرار گرفته‌اند و اين موضوع مي‌تواند دليل اصلي عدم تاثير اين موتاسيون‌ها بر برهم‌كنش مهاركننده‌ها و آنزيم اينتگراز باشد. به‌صورت كلي يافته‌هاي اين مطالعه نشان مي‌دهد كه مهاركننده‌هاي اينتگراز مي‌توانند به‌عنوان روش موثري به‌منظور مهار اين بيماري براي بيماران ايراني استفاده شوند.