شناسايي مسيرها و ژن‎هاي كانديد مقاومت به بيماري آسكوكيتا در يك واريته موتانت نخود به روش آناليز RNA-Seq

نخود در طول دوره رشد با تنش هاي زيستي و غيرزيستي مختلفي درگير است. سوختگي آسكوكيتايي يكي از مخرب ترين تنش‌هاي زيستي كاهنده عملكرد اين محصول مي‌باشد. اصلاح براي دست يابي به ارقام مقاوم مهم ترين روش براي مقابله با اين بيماري است. بررسي الگوي بيان ژن ها و مشخص كردن ژن هاي مقاوم به بيماري با استفاده از تكنيك RNA-Seq اطلاعات ارزشمندي را در اختيار اصلاحگران قرار مي دهد. در اين تحقيق الگوي بيان دو واريته حساس (C-727) و مقاوم (C-88) به بيماري آسكوكيتا تحت آلودگي، مورد بررسي قرار گرفت. استخراج RNA از برگ هاي گياهان تحت بيماري آسكوكيتا انجام گرفته به همين منظور سه نمونه بيولوژيك ادغام شده و يك نمونه از هر واريته مورد توالي يابي قرار گرفت. توالي يابي با Illomina HiSeq انجام شد. و كتابخانه RNA عاري از RNA ريبوزومي تهيه گرديد درنتيجه 82848250 خوانش از CM88 و 72346680 خوانش از C727 به دست آمد. در مجموع 3106 ژن با بيان افتراقي مشخص گرديد. از اين بين 1546 ژن در CM88 نسبت به C727 كاهش بيان و 1560 ژن افزايش بيان داشتند. پس از آناليز KEGG، 1285 ژن در 122 مسير زيستي KEGG قرار گرفتند. از 1285 ژن، 627 ژن در واريته CM88 نسبت به واريته C727 كاهش بيان داشته و 607 ژن افزايش بيان داشتند. نتايج آناليز KEGG نشان داد مسير NGlycan biosynthesis، مسير سنتز اسيد آمينه آرژنين و يك عامل رونويسي كه در القاي هورمون هاي مربوط به سيگنال هاي دفاعي نقش دارند ممكن است در مقاومت به بيماري آسكوكيتا در واريته هاي مورد مطالعه نقش داشته باشند.