رديابي و تكثير ژن هاي اثرگذار حامل دومين LysMدر ژنوم قارچ F. oxysporum f. sp. lycopersici

قارچ (FOL) Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici در طي كلونيزه كردن آوند گياه گوجه فرنگي پروتئين هاي كوچك اثرگذاري را به درون آوند گياه ترشح مي كند كه دستگاه مقاومتي گياه را مهار يا مختل مي كند و سبب بروز بيماري مي شود. تاكنون 14 پروتئين اثرگذار در اين بيمارگر شناسايي شده است كه هيچ يك دومين مشخصي در توالي پروتئيني خود ندارند. در ديگر قارچ هاي بيمارگر پروتئين هاي اثرگذار حامل دومين LysM جهت اتصال به كيتين و تجزيه آن شناسايي شده است. با توجه به كاركرد مهم اين دومين در برهم كنش قارچ و گياه، در مطالعه حاضر جست جو براي شناسايي ژن هاي اثرگذار حامل دومين LysM در قارچ FOL انجام شد. در ابتدا جست جوي دومين LysM در ژنوم Fol به كمك پايگاه اطلاعاتي Pfam به شناسايي 17 پروتئين منتج شد كه در اين بين، با توجه به وزن مولكولي پايين پروتئين هاي اثرگذار و ترشح آنها در فضاي بين سلولي، دو پروتئين فرضي به نام هاي FolLysM1 و FolLysM3 جهت مطالعات تكميلي انتخاب شدند. پيش بيني ساختار ژني مفروض با FGENESH+صورت گرفت؛ سپس، حضور ساختارهاي دوميني و خصوصيات پروتئين هاي افكتوري مانند مناطق سيگنال پپتيدي، تعداد و موقعيت اسيدآمينه سيستيين و باندهاي دي سولفيدي و وزن مولكولي در FolLysM1 و FolLysM3 پيش بيني شد. در ادامه توالي كدكننده دو پروتئين مزبور در ژنوم FOLتكثير و تعيين توالي شد و با بقيه پروتئين هاي اثرگذار داراي دومين LysM ازنظر فيلوژنتيكي و سازماندهي دومين ها مقايسه شد. اين اولين گزارش از رديابي ژن هاي اثرگذار داراي دومين LysM در FOL است كه توالي FolLysM1 با شماره دستيابي KU522305 در بانك ژن ثبت شد.