فراتحليل (متا-آناليز) داده‌هاي بيان ژن بافت پستان آلوده‌شده با باكتري اشريشياكلي در گاوهاي شيري

Meta-analysis of transcriptomic data of mammary gland infected by Escherichia coli Bacteria in dairy cows

تشخيص ژن‌هاي درگير در صفات پيچيده مانند حساسيت به بيماري نه تنها مي‌تواند موجب بهبود تشخيص و پيشگيري از بيماري مورد نظر مي‌شود، بلكه در انتخاب راه‌هاي درماني كارآمد و همچنين در انتخاب دام‌هاي مقاوم به اصلاحگران كمك خواهد كرد. در اين تحقيق با هدف بالا بردن توان تجزيۀ آماري در شناسايي ژن‌ها و مسيرهاي زيستي (بيولوژيكي) درگير در بيماري ورم پستان، از فراتحليل به روش Fisherبراي يكي كردن p-value‌هاي به‌دست‌آمده از تجزيۀ انفرادي داده‌هاي شش بررسي‌ ريزآرايه كه بيان ژن بافت پستان هنگام درگيري با باكتري اشريشياكلي (E. coli) در گاوهاي شيري را بررسي كرده بودند، استفاده شد. شناسايي ژن‌هايي كه در هيچ‌يك از بررسي‌هاي انفرادي معني ­دار نشده بودند مي­ تواند تأييدكنندۀ هدف بيان شده باشد كه منجر به ارائۀ مجموعۀ كامل‌تري از مسيرهاي زيستي مرتبط با سامانۀ ايمني، التهاب، تجزيۀ پروتئين (پروتئوليز) و مسيرهاي مرتبط با رشد و افزونش و مرگ ياخته‌اي شد."كنترل مثبت بيان پروموتور RNA پليمراز II"مسير جديدي در رابطه با اين بيماري است كه با وجود در بر گرفتن بيشترين شمار ژن در اين بررسي‌، در بررسي‌هاي گذشتۀ مرتبط با ورم پستان گزارش نشده است.

Identification of disease-causing genes that underlie complex traits such as susceptibility to disease not only can improve diagnosis and the prevention of illness, but also help breeder to select resistance animals against diseases. In the current study to aim the higher power of statistical analysis to identification of genes and biological pathways related to mastitis disease, we used Fisher meta-analysis to combine p-values obtained from individual analysis of datasets extracted from 6 microarray-based studies which investigate transcriptomic data of mammary gland tissue infected by Escherichia coli (E. coli) in dairy cows. Identification of genes that did not show a significant p-value in any of the independent studies may confirm the aim and lead to introduce a more complete set of biological pathways involved in this disease such as the pathways related to immune response, inflammation, proteolysis, growth, and death of cell. Positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter, is new pathways related to this disease which despite of the enrichment by maximum number of up-regulated genes in this study, have not been reported in previous mastitis studies.