بررسي اثر ضدباكتريايي پروتئين لاكتوپراكسيداز و پپتيدهاي آن بر روي برخي از باكتري‌هاي مولد ورم پستان گاوشيري با داكينگ مولكولي

متاسفانه استفاده از آنتي‌بيوتيك‌ها براي درمان بيماري ورم پستان دام منجر به ايجاد اثرات جانبي نامطلوبي شده است. از جايگزين‌هاي آنتي‌بيوتيك مي‌توان به پروتئين‌هاي ضد ميكروبي نظير لاكتوپراكسيداز اشاره كرد. هدف از اين پژوهش پيش‌بيني پپتيدهاي پروتئين لاكتوپراكسيداز و مقايسه‌ي آن‌ها در گونه‌هاي انسان، شتر، گوسفند، بز، گاوميش و گاو و بررسي خواص ضد باكتريايي آن در برابر باكتري‌هاي Staphylococcus aureus و Escherichia coli مولد ورم پستان از طريق داكينگ مولكولي است. از اين رو، خواص فيزيكوشيميايي پروتئين لاكتوپراكسيداز و پپتيدهاي زيست‌فعال حاصل از آن با استفاده از نرم‌افزار CLC Main Workbench 5 بررسي و سپس ساختار سوم آن براي شتر و انسان از طريق نرم‌افزار SwissModel پيش‌بيني شد. در ادامه پپتيدهاي اين پروتئين پيش‌بيني و در نهايت برهمكنش‌هاي پروتئين لاكتوپراكسيداز و پپتيدهاي حاصل از آن با پروتئين‌هاي سطحي دو باكتري مذكور با استفاده از نرم‌افزار آنلاين ClusPro2.0 صورت گرفت. نتايج داكينگ مولكولي نشان داد كه مناسب‌ترين موقعيت اتصال كه در آن پروتئين لاكتوپراكسيداز حاصله با منفي‌ترين انرژي به پروتئين سطحي غشاء اين دو باكتري متصل شده است، به ترتيب مربوط به گاو و بز مي‌باشد. بررسي بيوانفورماتيكي هفت پپتيد حاصل از اين پروتئين نيز نشان داد كه پپتيد شماره‌ي سه مربوط به گاو، بز، گاوميش، گوسفند عملكرد بهتري در اتصال و تخريب پروتئين سطحي غشاء اين دو باكتري داشته و با انرژي اتصال منفي تري نسبت به فرم كامل پروتئين لاكتوپراكسيداز به اين باكتري‌ها متصل شده است. اميد است بتوان در آينده از اين پپتيدها به‌عنوان جايگزيني مناسب براي آنتي‌بيوتيك‌ها در بخش درمان بيماري ورم پستان استفاده كرد.