ارائه يك الگوريتم فراابتكاري جهت كشف توالي تنظيمي در ژنوم بيماران مبتلا به سرطان سينه

زمينه و هدف: امروزه در دانش پزشكي، روش هاي تشخيص علائم و كشف بيماري ها، بسيار وسيع و گسترده شده است. درنتيجه، تحليل كليه عوامل دخيل در يك بيماري، اغلب چالش برانگيز است؛ بنابراين به يك سيستم مكانيزه براي كمك به كشف قوانين، شناسايي الگوهاي موجود و پيش‌بيني رخ دادهاي آينده، كاملاً احساس مي شود. در اين تحقيق قصد داريم با استفاده از يك الگوريتم فراابتكاري چندهدفه، روشي را ارائه كنيم كه بتواند توالي هاي تنظيمي (Regulatory Elements) با طول متغير از ژنوم را كشف و استخراج كرده و برهم كنش هاي بين آ ن ها را نيز شمارش كند. درواقع اين توالي تنظيمي مي توانند نقش قابل‌توجهي در بروز و تشديد بيماري سرطان ايفا كنند. مواد و روش‌ها: در اين پژوهش، از يك متد پيشنهادي جهت كشف توالي تنظيمي در ژنوم بيمار مبتلا به سرطان سينه استفاده‌شده است. متد پيشنهادي در نرم افزار Matlab پياده سازي شده است. همچنين، جهت سنجش عملكرد و كارايي روش پيشنهادي، الگوريتم موردنظر بر روي مجموعه داده هاي HiC (HiC Dataset) مربوط به بيماران مبتلا به سرطان سينه در دو رده سلول خوني 12878GM و +34CD معرفي‌شده توسط ميفسود و همكاران، اجرا گرديد. نتايج: اجراي روش پيشنهادي با روش HiCUP مورد مقايسه قرار گرفت. نتايج نشان مي دهند كه روش MSARE در كشف توالي هاي تنظيمي، عملكرد بهتري را نسبت به روش HiCUP داشته است. نتيجه گيري: در اين پژوهش، بررسي هاي تجربي نشان مي دهند كه دو پروموتر 6BLC و HOTTIP كشف شده توسط روش پيشنهادي در هر دو سلول خوني 12878GM و +34CD در بروز و تشديد بيماري سرطان سينه تأثير معني داري داشته اند.