تكثير و توالي‌يابي بخشي از ژن مسؤول تشكيل خط سفيد دفاعي در Pseudomonas aeruginosa با استفاده از Degenerate Polymerase Chain Reaction

مقدمه: ليپوپپتيدهاي Pseudomonas مانند White lineinducing principle (WLIP)، داراي فعاليت‌هاي ضد ميكروبي حايز اهميتي مي‌باشند. زماني كه باكتري مولد WLIP در مجاورت با Pseudomonas tolaasii كشت داده شود، خط سفيد رنگي در بين آن‌ها ايجاد خواهد شد. با شناسايي راهبرد White line reaction (WLR) و بررسي تنوعات آن در انواع مختلف Pseudomonas شايد بتوان از آن به عنوان رويكردي براي درمان بيماري‌هاي عفوني استفاده كرد. در اين مطالعه، با استفاده از تكنيك Degenerated polymerase chain reaction (Degenerate PCR) سعي گرديد تا براي اولين بار به طور جزيي سيستم ژنتيك WLR در Pseudomonas aeruginosa شناسايي شود. روش‌ها: آناليز دمين آنزيم‌هاي Nonribosomal peptide synthetase (NRPS) با استفاده از ابزار Nonribosomal peptide synthetase-Polyketide synthases (NRPSPKS) انجام شد. همچنين، با به كارگيري برنامه‌ي Geneious الاينمنت چندگانه‌ي توالي DNA، آناليزهاي فيلوژنتيك و بلاست لوكال انجام گرديد. در نهايت، DNA ژنوميLMG 1272 Pseudomonas aeruginosa استخراج و Degenerate PCR انجام شد. يافته‌ها: در ابتدا تكثير (PCR) بر اساس دمين‌هاي C1 و TE انجام شد. با وجود تكرارها و تغييرات متعدد، علاوه بر باند مورد نظر، باندهاي ديگري نيز به دست آمد. بدين منظور، با استفاده از ژن wlp/wip بلاست بر عليه ژنوم‌هاي Pseudomonas aeruginosa انجام شد. دو ركورد در دو سويه‌ي Pseudomonas aeruginosa در حدود 50 درصد Identity با ژن wlpB سويه‌ي RW10S2 مشاهده شد. بعد از الاينمنت اين دو ركورد با wlpB در RW10S2، طراحي پرايمر و تكثير انجام شد. با انجام Blastp تنها يك پروتئين به نام Gramicidin D در باكتري Ralstonia solanacearum SD54 با ميزان Identity حدود 43 درصد مشاهده شد. نتيجه‌گيري: تشكيل خط سفيد دفاعي توسط سويه‌ي Pseudomonas aeruginosa به احتمال زياد توسط يك سيستم ژنتيك متفاوت از آنچه كه تاكنون گزارش شده است، انجام مي‌شود.