ساده‌سازي مدل هم‌ترازي شبكه‌هاي برهم‌كنش پروتئين- پروتئين با استفاده از ماتريس شباهت به منظور كاهش زمان حل

مسئله هم‌ترازي شبكه‌هاي پروتئيني، يك مساله NP-Complete است. در اين مقاله، براي كاهش پيچيدگي حل مدل رياضي مساله هم ترازي، تقريبي از مدل ارائه مي‌شود. به عبارت دقيق‌تر، از ماتريس شباهت دو شبكه پروتئيني براي كاهش تعداد متغيرهاي مدل استفاده مي‌گردد. براي اين منظور، در مدل پيشنهادي، به‌جاي بررسي هم‌ترازي هر يك از پروتئين‌هاي شبكه نخست با تمام پروتئين‌هاي شبكه دوم، هم‌ترازي هر يك از پروتئين‌هاي شبكه نخست فقط با تعدادي از شبيه‌ترين پروتئين‌هاي شبكه دوم بررسي مي‌شود. مدل پيشنهادي، براي همترازي شبكه‌هاي پروتئيني واقعي گونه‌هاي مختلف و نيز شبكه‌هاي مصنوعي آزمايش شد. نتايج تجربي، نشان دهنده بهبود دقت هم‌ترازي نسبت به روش‌ تقريبي NETAL و نيز كاهش زمان اجرا، نسبت به مدل دقيق مي‌باشد. در ضمن، روش پيشنهادي، توانسته است بر روي شبكه‌هاي مصنوعي فاقد نويز، به دقت بسيار مطلوب دست يابد.