ميزان تشابه توالي نوكلئوتيدي ژن هاي 16S rRNA و rec A سويه هاي اشريشيا كلي و پروتئوس ميرابيليس به دست آمده از سنگ هاي شاخ گوزني كليه

The Similarity of the Nocleitide Sequence of 16S rRNA and rec A Genes between Strains of E. coli and P. mirabilis from Staghorn Kidney

سابقه و هدف: سويه هاي اشريشيا كلي و پروتئوس ميرابيليس، بيشترين باكتري هاي جدا شده از سنگ هاي كليه را شامل مي شوند. ژن 16S rRNAو ژن recAبراي نشان دادن روابط تكاملي بين باكتري ها مورد استفاده قرار مي گيرد. هدف از اين مطالعه، ايزوله و شناسايي پروتئوس ميرابيليس و اشريشيا كلي از سنگ هاي شاخ گوزني كليه بيماران مراجعه كننده به بيمارستان لبافي نژاد به روش بيوشيميايي و تعيين ميزان تشابه توالي نوكلئوتيدي ژن هاي 16S rRNAو rec Aدر بين هر دو باكتري بوده است. روش كار: از 150بيمار مراجعه كننده به بخش جراحي كليه بيمارستان لبافي نژاد داراي سنگ شاخ گوزني كليه نمونه هاي سنگ جمع آوري و قسمتي از آن جهت آناليز جنس سنگ و قسمت ديگر جهت شناسايي باكتري ها بررسي شد. شناسايي باكتري هاي رشد كرده بر اساس تست هاي فنوتيپي، بيوشيميايي و PCRانجام گرفت و مقاومت آنتي بيوتيكي آنها بررسي شد. جهت بررسي ارتباط ژنتيكي سويه هاي اشريشيا كلي و پروتئوس ميرابيليس شناسايي شده، ژن هاي 16S rRNAو recAتوالي يابي شد و درخت فيلوژنتيك توسط نرم افزار MEGA 4براي آنها ترسيم شد. يافته ها: از ميان 150بيمار، %173/3مرد و %26/7زن بودند و 44%نمونه هاي سنگ از نظر كشت ميكروبي مثبت بودند. بيشترين موارد گونه هاي باكتريايي شناسايي شده شامل 22/8%اشريشيا كلي، 18/2%پروتئوس ميرابيليس، 13/6% استافيلوكوكوس اورئوس، 12/2% استافيلوكوكوس ساپروفيتيكوس، 12/2%استافيلوكوكوس اپيدرميديس بودند. ميزان تشابه توالي نوكلئوتيدي ژن 16S rRNAدر سويه هاي اشريشيا كلي، 96%و در سويه هاي پروتئوس ميرابيليس، 97%را نشان داد. ميزان تشابه توالي نوكلئوتيدي ژن recAبراي سويه هاي هر دو باكتري در تمام ژن ها تشابه 98%داشتند. بيشترين تركيب سنگ كه كشت باكتريايي مثبت داشتند، از جنس كلسيم اگزالات ( 57/5%)بود . نتيجه گيري: نتايج اين بررسي نشان داد كه ژن recAنسبت به ژن 16S rRNAجهت بررسي ارتباط ژنتيكي سويه هاي اشريشيا كلي و پروتئوس ميرابيليس در نمونه هاي سنگ كليه مختصري مناسب تر و دقيق تر است. و بهتر است به جاي ژن 16S rRNAاز ژن recA استفاده شود. كه البته اين امر به اطلاعات بيشتري نياز دارد.

Background an‎d Objective Escherichia coli and Proteus mirabilis are the most isolated bacteria from kidney stones.16S rRNA and recA genes show evolutionary relationship among bacteria. The aim of this study is to detect and isolate Escherichia coli and Proteus mirabilis from Staghorn kidney stones obtained from patients at LabafiNejad Hospital and investigation of genetic relationship between 16S rRNA and recA genes in these two bacteria. Materials an‎d Methods One hundred and fifty stone samples were obtained from patients referred to the surgical ward of LabafiNejad Hospital. They have examined for recognizing material of staghorn stones and exictene of bacteria. Cultured bacteria were identified by Phenotypic, biochemical and PCR tests, and antibiotic resistant of identified bacteria was performed. For investigation of genetic relationship between 16S rRNA and recA genes in identified strains of Escherichia coli and Proteus mirabilis were sequenced and phylogenetic tree was drawn for them by MEGA4 software. Results Results showed that out of 150 patients, 73.3% were male and 26.7% were female and 44% stones samples were culture positive. The most identified species consisted of Escherichia coli 22.8%, Proteus mirabilis 18.2%, Staphylococcus aureus 13.6%, Staphylococcus saprophyticus 12.2% and Staphylococcus epidermidis 12.2%. 16S rRNA gene sequences similarities in Escherichia coli and Proteus mirabilis strains were 96% and 97% respectively. Also the results of recA gene sequences analysis showed that all genes had 98% similarity. Among stones with positive bacterial cultures, the most composition of stone was Calcium oxalate 57.5%. Discussion In the present study, the phylogenetic results showed that the recA is better than 16S rRNA gene for investigation of genetic relationship between16S rRNA and recA genes in identified strains Escherichia coli and Proteus mirabilis in kidney stone samples. With regard to the comparison of recA and 16S rRNA gene sequences, it is appeared that recA gene is slightly more accurate than 16S rRNA gene and it is better to use recA gene instead of 16S rRNA gene of course it needs more information.