شناسايي مايكو باكتريوم آويوم كمپلكس با استفاده از روش ترادف يابي چند جايگاهي

Identification of Mycobacterium avium complex using Multi Locus Sequence Analysis

مايكوباكتريوم آويوم كمپلكس به صورت گسترده در محيط وجود دارند و عامل ايجاد كننده بيماري در حيوانات، پرندگان و بيماران نقص سيستم ايمني و افراد سالم مي باشد. هدف از اين مطالعه به كارگيري روش ترادف يابي چند جايگاهي (MLSA) در شناسايي مايكوباكتريوم آويوم كمپلكس بود. روش كار: در اين مطالعه، ابتدا توالي ژن هاي 16S rRNA، rpoB و hsp65 براي 8 زير گونه از كمپلكس مايكوباكتريوم آويوم از بانك ژني جمع آوري شد. سپس اين توالي ها به وسيله نرم افزار clustalW2 هم رديف شدند و براساس اين ژن ها درخت هاي فيلوژنتيكي رسم شد. در نهايت، توسط نرم افزار CLC Main benchwork توالي مربوط به هر زير گونه با هم تركيب شد و درخت فيلوژنتيك با روش neighbor-joining رسم شد. يافته ها: نتايج مبني بر روش MLSA بهتر از مطالعه جداگانه ژن هاي 16S rRNA، rpoB و hsp65 بود. نتيجه گيري: روش MLSA ابزاري مفيد براي شناسايي و افتراق زيرگونه هاي مايكوباكتريوم آويوم كمپلكس است.

Introduction: Mycobacterium avium complex (MAC) are ubiquitous in the environment which are the cause of disease in animals, birds and patients with immunodeficiency and healthy individual. The purpose of this study was to apply the multi-location sequencing method (MLSA) to identify mycobacterium avium complex. Methods: In this study, the sequences of 16S rRNA, rpoB and hsp65 genes were collected from the GenBank for 8 subtypes of Mycobacterium avium complex. Then, these sequences were aligned using clustalW2 software, and based on these genes, phylogenetic trees were constructed. Finally, CLC Main Benchwork Software combined the sequence for each sub-species, and the phylogenetic tree was constructed with a neighbor-joining technique. Results: The results of the MLSA method were better than the separate study of 16S rRNA, rpoB, and hsp65 genes. Conclusion: The MLSA method is a useful tool for identifying and differentiating Mycobacterium avium complex subtypes.