طراحي و داكينگ تعدادي از مشتقات پيريميدين به عنوان تركيبات ضد مالاريا

Design and Docking Study of Some Pyrimidine derivatives as Antimalarial Agents

زمينه و هدف: بر اساس آخرين تخمين منتشر شده توسط سازمان جهاني بهداشت در سال 2017 تعداد مبتلايان به مالاريا 219 ميليون نفر بوده و مالاريا سبب مرگ 435 هزار نفر گرديده است. با ظهور سويه‌هاي مقاوم به دارو در مالاريا، نياز به اهداف جديد دارويي در هر زمان وجود دارد. در اين مطالعه طراحي و داكينگ مشتقات پيرميدين براي مهار آنزيم متيونين آمينوپپتيداز1بي (MetAP1b) انجام شد كه به عنوان تركيبات ضد مالاريا به عنوان داروي جديد و درجهت مقابله با مقاومت دارويي در نظر گرفته شده است. روش­ ها: مطالعات داكينگ با برنامه AutoDock انجام شد. ساختار مولكول­ها با برنامه­Hyperchem كشيده شد و با روش Semi-empirical بهينه گرديد. يافته­ ها: مطالعات داكينگ نشان داد كه مهمترين پيوندهاي درگير در اتصال دارو با گيرنده پاي-پاي، پاي-كاتيون و پيوند هيدروژني مي­ باشند. افزايش پيوندهاي پاي-پاي و پاي-كاتيون در افزايش قدرت اين گروه از تركيبات مؤثر است. همچنين درمجموع مشخص شد كه تركيب شماره 7 مؤثرترين تركيب در اتصال در جايگاه فعال آنزيم مي ­باشند. نتيجه ­گيري: بر اساس نتايج به­ دست­ آمده از مطالعات داكينگ، تمامي تركيبات طراحي شده تأثيرات مهاري خوبي را در جايگاه فعال آنزيم از خود نشان مي ­دهند اما تركيب 7 بهترين اثر مهاري را از خود نشان داد. با توجه به نتايج حاصل از شيمي محاسباتي تركيب شماره 7 مي تواند به عنوان كانديد داروي جديد ضد مالاريا باشد

Background and Aim: According to the latest estimate published by the World Health Organization in 2017, there are 219 million malaria cases and 435,000 deaths. With the emergence of drug-resistant strains in malaria, there is a need for new drug targets every time. In this study, the design and docking study of the pyrimidine derivatives for inhibiting Methionine aminopeptidase1B enzyme (Metap1b) has been considered as antimalarial agents as a new drug and against drug resistance. Methods: Docking studies were done with the AutoDock program. The structure of the molecules was drawn with the Hyperchem program and optimized by semi-empirical method. Results: Docking studies have shown that the most important links involved in drug binding are peptide receptor, π-cation and hydrogen bonding. Increasing the π-π and π-cation bonds in enhancing the strength of this group of compounds is effective. It was also found that Combination No. 7 was the most effective compound in binding to the active site of the enzyme. Conclusion: Based on the results of docking studies, all designed compounds exhibit significant inhibitory effects on the active site of the enzyme, but the compound 7 showed the best inhibitory effect. According to the results of cheminformatics, compound 7 can be a candidate for a new anti-malarial drug.