ژني جهت شناسايي ژن ها و مسيرهاي زيستي مرتبط با صفات تجزيه و تحليل مجموعه هاي وزن تخم مرغ در كل دوره توليد

هدف: شناسايي ژن ‌هاي بزرگ اثر مؤثر بر صفات مهم اقتصادي يكي از مهم‌‌ترين اهداف اصلاح نژادي در پرورش مرغ است. پژوهش حاضر به منظور مطالعه پويش ژنومي بر اساس آناليز مجموعه‌ هاي ژني براي شناسايي جايگاه ‌هاي ژني مؤثر بر صفات مرتبط با وزن تخم مرغ نژاد رُد آيلند رِد با استفاده از آرايه ‌هاي ژنومي با تراكم بالا بوده است. مواد و روش ها: اطلاعات ركورد‌هاي فنوتيپي و ژنوتيپي مرتبط با وزن تخم مرغ نمونه ‌ها از پايگاه ذخيره ژنومي برخط Figshare استفاده شد. آناليز پويش كل ژنومي بر پايه آناليز مسير در سه مرحله تعيين مكان SNPهاي معني ‌دار با ژن، ارتباط ژن‌ ها به طبقات عملكردي و مسيرهاي بيوشيميايي و پويش كل ژنومي بر پايه آناليز مسير انجام مي‌ شود. بر اين اساس، مطالعه پويش ژنومي براي صفات وزن تخم مرغ در اولين تخم گذاري و 28، 36، 56، 66، 72 و 80 هفتگي در 1078 قطعه مرغ در برنامه GenABEL انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاري biomaRt2 ژن هاي معني داري كه در داخل و يا 20 كيلوباز بالادست يا پايين دست نشانگرهاي SNP معني دار قرار داشتند، شناسايي گرديد. در نهايت تفسير مجموعه ژني با بسته نرم افزاري goseq برنامه R با هدف شناسايي عملكرد بيولوژيكي ژن ‌هاي نزديك به مناطق انتخابي و ژن‌ هاي كانديدا از طريق پايگاه‌ هاي GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. نتايج: در اين پژوهش تعداد 9 نشانگر تك نوكلئوتيدي واقع روي كروموزوم ‌‌هاي 3، 4، 6، 7، 8، 9، 19، 20 و 22 شناسايي شدند كه با ژن‌ هايMC3R LEPR ECT2، SH3GL2، KCNMA1، SPP1، PCK1، MMP9، PPP1CB، ACOX1 و IGFBP2 مرتبط بودند. تعدادي از اين نشانگرهاي شناسايي شده در مناطق ژنومي معني ‌دار با مطالعه پيشين مرتبط با وزن تخم مرغ هم خواني داشتند. در تفسير مجموعه ژني تعداد 28 مسير هستي شناسي ژني و بيوشيميايي با صفات وزن تخم مرغ شناسايي شد (P˂0.01). از اين بين، مسيرهايRegulation of feeding behavior، Positive Regulation of apoptotic process،Positive regulation of protein phosphorylation osteoblast differentiation، Positive regulation of gluconeogenesis، Cell-cell junction وFocal adhesion عملكرد‌هاي مهمي را در ارتباط با وزن تخم مرغ و فرآيند توليد تخم مرغ از طريق رشد اووسيت و تخمك اندازي، تشكيل پروتئين آلبومين و تشكيل پوسته تخم مرغ بر عهده داشتند. نتيجه گيري: با توجه به تأييد نتايج حاصل از مطالعه قبلي در زمينه پويش ژنومي صفات وزن تخم مرغ و شناسايي مناطق ژنومي جديد استفاده از يافته هاي اين تحقيق مي تواند در انتخاب ژنتيكي برنامه هاي اصلاح نژادي مرغ مفيد باشد.