ژنوتيپ و فنوتيپ كوويد-19: نقش آنها در بيماري زائي

Genotype and phenotype of COVID-19: Their roles in pathogenesis

كوويد-19 كروناويروس نوظهور در ووهان چين است كه با شيوع غير معمول عفونت ريوي همراه بوده، اكنون به صورت همه‍ گيري درآمده است. بر اساس ارتباطات تبارزايي و ساختارهاي ژنتيكي، كوويد-19 متعلق به جنس بتاكرونوويروس ها است. بتاكرونوويروس هاي انساني (سارس- كرونا، مرس-كرونا، سارس-كرونا-2) شباهت زيادي با يكديگر دارند، امّا در ساختارهاي ژنتيكي و فنوتيپي تفاوت هائي وجود دارد در بيماري زائي آنها مؤثرند. كوويد-19 RNA تك رشته اي مثبت (رشتۀ sense) دارد كه به نوكلئوپروتيني متصل است و در كپسيد حاوي پروتئين ماتريكس قرار دارد. يك كروناويروس معمول، حداقل شش چارچوب خوانش باز (Open reading frame; ORFs) در ژنگان خود دارد. تمام پروتئين­هاي ساختاري و كمكي از روي RNA هاي تك زنجيره كرونا ويروس ها ترجمه مي شوند. چهار پروتئين ساختاري اصلي با ORF شماره 10 و 11 كه يك سوم ژنگان را تشكيل مي ­دهند و نزديك به انتهاي 3’ قرار دارند رمزگذاري مي ­شوند. ساختار ژنتيكي و فنوتيپي كوويد-19 در بيماري زائي آن اهميت دارد. اين مقاله ويژگي هاي مهم ژنتيكي و فنوتيپي كوويد-19 را در مقايسه با ديگر بتاكروناويروس ها مشخص مي كند.

COVID-19 is a novel coronavirus with an outbreak of unusual viral pneumonia in Wuhan, China, and then pandemic. Based on its phylogenetic relationships and genomic structures the COVID-19 belongs to genera Betacoronavirus. Human Betacoronaviruses (SARS-CoV-2, SARS-CoV, and MERS-CoV) have many similarities, but also have differences in their genomic and phenotypic structure that can influence their pathogenesis. COVID-19 is containing single-stranded (positive-sense) RNA associated with a nucleoprotein within a capsid comprised of matrix protein. A typical CoV contains at least six ORFs in its genome. All the structural and accessory proteins are translated from the sgRNAs of CoVs. Four main structural proteins are encoded by ORFs 10, 11 on the one-third of the genome near the 3′-terminus. The genetic and phenotypic structure of COVID-19 in pathogenesis is important. This article highlights the most important of these features compared to other Betacoronaviruses.