مدل‌‌سازي شبكه‌‌هاي تنظيم ژني: مدل‌هاي كلاسيك، اختلال بهينه براي شناسايي شبكه

ارتقاي عمق و گستره درك ما از دانش زيست شناسي ملكولي، از يك سو امكان بهره ‌برداري از آن را در توسعه فناوري هايي مانند رمزگشايي فراهم ساخته است و از سوي ديگر، مداخله در سيستم ژنتيكي را امكان ‌پذير مي سازد كه نويدبخش آينده اي روشن براي علوم زيستي و پزشكي است. دست‌‌يابي به اين هدف با مداخله در شبكه تنظيم ژني (GRN) امكان پذير مي شود؛ زيرا GRN كنترل‌كننده فعاليت هاي زيستي در سطح ملكولي است. در اين مسير، شناسايي GRN، شامل شناسايي مرز، ساختار و گره‌ هاي شبكه اهميت به سزايي دارد. در اين مقاله به دو جنبه ساختار و گره در مدل سازي و شناسايي GRN در شبكه هاي بزرگ (با بيش از پنجاه گره) پرداخته مي شود. نخست محدوديت ‌هاي كاربست مدل‌هاي احتمالاتي براي گره (ژن) مورد بررسي قرار مي ‌گيرد. همچنين محدوديت ‌هاي كاربست مدل چنددرختي براي ساختار GRN مورد بررسي قرار مي ‌گيرد. در بخش اصلي مقاله، مسأله شناسايي GRN با مدل بولي مورد بحث قرار گرفته و نشان داده مي ‌شود كه بر‌خلاف تصور معمول، آزمايش بهينه از ديد شناسايي ساختار GRN، آزمايش تك‌اختلال است.