مطالعه‌‌ي قدرت مهاري تركيبات بيس ايندولي سنتتيك بر فرآيند فيبريلاسيون آميلوئيدي با استفاده از روش‌هاي شبيه‌سازي مولكولي

تشكيل ساختارهاي آميلوئيدي به دليل ايجاد بيماري‌هايي مانند آلزايمر، پاركينسون، و ديابت نوع 2، مورد توجه محققان است. از جمله مهاركننده‌هاي مهم، حلقه‌هاي ايندولي مي‌باشند. مطالعات تجربي بر روي دو نوع تركيب بيس ايندولي نشان داده است كه تركيب بيس ايندوليل 2متيل فنيل متان (BI2MPM) مهاركننده‌ي فيبريلاسيون آميلوئيدي پروتئين ليزوزيم است. اما تركيب بيس ايندوليل 3نيترو فنيل متان (BI3NPM) قدرت مهاري چندانيندارد. در اين مطالعه با استفاده از روشهاي داكينگ و شبيه‌سازي ديناميك مولكولي، ميانكنش اين دو ليگاند با پروتئين مدل شده‌ي آميلوئيدي بررسي شد. روش داكينگ مولكولي تمايلي مشابه اما با جايگاه اتصالي متفاوت براي دو ليگاند نشان داد. اما نتايج ديناميك مولكولي نشان داد كه ليگاند BI2MPMبا تخريب عمده ساختار بتاي هسته هاي اوليه، موجب كاهش ميانكنش بين آن‌ها و با افزايش تغييرات ساختاري در رشته‌هاي بتا باعث ناپايداري و توقف رشد فيبريلاسيون مي‌گردد. اما تركيب BI3NPM تغييرات اندكي بر ساختار هسته‌هاي فيبريلي اعمال مي‌كند.