مطالعه پويش كل ژنومي صفات مرتبط با توليد شير بر پايه تجزيه و تحليل غني‌سازي مجموعه‌هاي‌ ژني در گاو هلشتاين

زمينه مطالعاتي: اخيراً انتخاب به كمك QTLها و مناطق ژنومي مؤثر بر صفات توليدي براي افزايش بازده انتخاب مورد توجه قرار گرفته است. هدف: پژوهش حاضر به منظور مطالعه پويش ژنومي بر مبناي تجزيه و تحليل غني سازي مجموعه ژني جهت شناسايي ژن هاي مؤثر بر صفات مرتبط با توليد شير گاو هلشتاين با استفاده از تكنيك توالي يابي GGRS بوده است. روش كار: بدين منظور، مطالعه پويش ژنومي از 1092 رأس گاو هلشتاين و ركورد مرتبط با توليد شير، درصد چربي و امتياز سلو ل هاي بدني در برنامه Plink ارزيابي شد. آناليز غني سازي ژني با استفاده از بسته نرم افزاري goseq برنامه R و شناسايي عملكرد بيولوژيكي ژن هاي نزديك در مناطق انتخابي كانديدا از طريق پايگاه هاي برخط GO، KEGG و Panther انجام گرديد. نتايج: تجزيه و تحليل بيوانفورماتيكي نشان داد كه مناطق ژنومي شناسايي شده به طور مستقيم و غير مستقيم با ژن هاي مؤثر بر امتياز سلول هاي بدني، توليد و چربي شير همپوشاني دارند. در اين پژوهش تعداد 11 نشانگر تك نوكلئوتيدي واقع روي كروموزوم هاي 5، 6، 7، 8، 14، 19، 22، 24، 25، 27 و 28 شناسايي شدند كه با ژن هاي ASIC2، ANXA3، CCL2، CCL11، CCL24،IL33،TLR3 ، WWOX،EGFR ،PRKCA ، CAMK2A،KCNMA1 ،FABP2 ،SPP1 ،THBS4 ، HSP90B1 وITPR1 مرتبط بودند. برخي از اين ژن ها در مناطق معني دار با مطالعه قبلي هم خواني داشت. در آناليز غني سازي مجموعه ژني تعداد 25 مسير هستي شناسي ژني و مسير KEGG با صفات توليد و امتياز سلول هاي بدني مرتبط بودند (P˂0.01). از اين بين، مسيرهاي positive regulation of inflammatory response و defense response نقش مهمي در سيستم ايمني داشتند. همچنين در ارتباط با توليد و چربي شير مسيرهاي PPAR signaling pathway، Oxytocin signaling pathway و Focal adhesion ارتباط معني داري داشتند. نتيجه گيري نهايي: با توجه به تأييد مناطق قبلي پويش ژنومي صفات توليدي، همچنين شناسايي مناطق ژنومي جديد استفاده از يافته هاي اين تحقيق مي تواند باعث تسريع در پيشرفت ژنتيكي برنامه هاي اصلاح نژادي گاو شود.