عنوان مقاله :
كاوش پاسخ‌هاي دفاعي گياه به بيمارگرها به كمك فناوري RNA-seq
عنوان به زبان ديگر :
Exploring Plant Defense Responses to Pathogens by RNA-seq Technology
پديد آورندگان :
خلقتي‌بناء، فاطمه سازمان تحقيقات، ترويج و آموزش كشاورزي - موسسه تحقيقات گياه‌پزشكي - آزمايشگاه گياه‌پزشكي، كرج، ايران , سبحاني نجف‌آبادي، احمد سازمان تحقيقات، ترويج و آموزش كشاورزي - پژوهشگاه بيوتكنولوژي كشاورزي ايران شاخه اصفهان، اصفهان، ايران , مسلم خاني، كبري سازمان تحقيقات، ترويج و آموزش كشاورزي - موسسه تحقيقات ثبت و گواهي بذر و نهال، كرج، ايران
كليدواژه :
سيستم ايمني گياه , برهمكنش گياه/ بيمارگر , توالي‌يابي آر.ان.اِ , خوانش‌هاي دوطرفه , آناليز ژن‌هاي داراي بيان افتراقي
چكيده فارسي :
گياهان برخلاف جانوران، سلول‌هاي دفاعي متحرك نداشته و سيستم دفاعي آنها به‌طور طبيعي قابليت توسعه و سازگاري در برابر بيمارگرها را ندارد. سيستم ايمني ذاتي گياهان بسيار پيچيده و در دو لايه مهم سازمان‌يافته و به سيستم پيام‌رساني گسترده وابسته است. هر لايه از اين سيستم از اجزاء متعددي تشكيل شده كه هر يك در زمان مناسب وارد عمل مي‌شوند. سدهاي دفاعي شيميايي و فيزيكي كه از ورود بيمارگر و بروز آلودگي جلوگيري مي‌كنند، انفجار اكسيژني، بيان پروتئين‌هاي مرتبط با بيماريزايي و مرگ سلولي برنامه‌ريزي‌شده، همه بخش‌هايي از اين سيستم پيچيده هستند. يكي از بهترين راه‌هاي مطالعه پاسخ‌هاي دفاعي گياه به بيمارگر مطالعه الگوي تغييرات بيان ژن در گياه بيمار نسبت به گياه سالم در سطح ترانسكريپتوم است. با توالي‌يابي مولكول‌هاي mRNA در سلول و شناسايي ژن‌هاي مربوط به اين مولكول‌ها مي‌توان به الگوي تغييرات بيان ژن‌ها و ميزان اين تغييرات پس از بروز بيماري پي برد. فناوري پُربرونداد (High-Through put Technologies) RNA-seq با بهره‌گيري از توانمندي‌هاي توالي‌يابي نسل دوم، امكان شناسايي و كمي‌سازي صدها ژن را در ترانسكريپتوم فراهم مي‌كند. اين فناوري امروزه به‌عنوان يكي از بهترين ابزارهاي مطالعه ترانسكريپتوم برهمكنشي ميزبان-بيمارگر و شناسايي ژن‌هاي درگير در پاسخ‌هاي دفاعي گياهان شناخته مي‌شود.
چكيده لاتين :
Unlike animals, plants do not have mobile defense cells and their immune systems are not naturally capable of developing and adapting to pathogens. The innate immune system of plants is very complex and organized in two important layers and extensively depends on signaling pathways. Each layer is composed of many components, which timely play their roles, chemical and physical barriers preventing pathogens or oxidative bursts, pathogen-related proteins, and programmed cell death that induced after pathogen recognition are all parts of plant complicated immune system. Transcriptome analysis of the plant pathogen interaction and listing differentially expressed genes (DEGs) shed light on the plant complicated responses to pathogens. The high throughput RNA-seq technology, developed after Next-generation sequencing arrival, is of the most used techniques in DEG analysis. Here, the basics and steps of the RNA-seq technique to study of the plant defense responses were summarized.
عنوان نشريه :
ايمني زيستي
