طراحي پايگاه اطلاعاتي مولكولي محلي براي تسهيل شناسايي زيستگاههاي گونه‌‌هاي پستانداران شاخص در ايران

Designing a Local Molecular Database to Facilitate the Identification of Mammal Species Habitats in Iran

شناسايي و حفاظت از زيستگاهها در راستاي حفاظت از حيات وحش امري ضروري است. شناسايي زيستگاههاي برخي از گونه‌‌ها نظير برخي پستانداران كه تراكم جمعيت كمي در طبيعت دارند، نيازمند به‌‌كارگيري تكنيكي كاربردي در اين زمينه است. انجام مطالعات مولكولي روي نمايه‌‌هاي زيستي بر‌‌جاي‌‌مانده از پستانداران در طبيعت و توالي‌‌يابي ژنوم، فرآيند شناسايي زيستگاهها و همين‌‌طور پايش جمعيت آنها را تسهيل كرده است؛ بنابراين طراحي و راه‌‌اندازي پايگاه اطلاعاتي مولكولي محلي در راستاي شناسايي توالي‌‌هاي به‌‌دست‌‌آمده از نمايه‌‌هاي پستانداران و درنهايت، تسهيل شناسايي زيستگاههاي آنها هدف اصلي اين پژوهش است؛ بدين منظور گونه‌‌هايي از پستانداران ايران كه براساس قوانين ملي يا برپايۀ IUCN در طبقات حفاظتي قرار داشتند و همچنين گونه‌‌هاي پستاندار پي‌‌سنگ براي مطالعه انتخاب شدند. نمونه‌‌برداري به روش غير‌‌تهاجمي از گونه‌‌هاي مختلف پستاندار از سراسر ايران انجام گرفت. دو ناحيۀ ژني D-loop و COXI توالي‌‌يابي شدند؛ سپس توالي‌‌هاي گونه‌‌هاي منتخب، متعلق به ژن‌‌هاي ميتوكندريايي D-loop، COXI و Cyt b نيز از NCBI اخذ و پايگاه اطلاعاتي مولكولي محلي با استفاده از نرم‌‌افزار BLAST تهيه و راه‌‌اندازي شد. عملكرد پايگاه اطلاعاتي مولكولي محلي طراحي‌‌شده با استفاده از يك توالي Query سنجيده شد و پايگاه، توالي Query را به‌‌طور صحيح بازشناخت. اين پايگاه شناسايي زيستگاه پستانداران مطالعه‌‌شده را با استفاده از شناسايي توالي‌‌هاي متعلق به نمايه‌‌هاي زيستي باقي‌‌مانده از آنها در زيستگاهها مقدور مي‌‌سازد و به رفع چالش‌‌هاي موجود درزمينۀ شناسايي زيستگاهها براي برنامه‌‌ريزي‌‌هاي حفاظتي كمك شاياني خواهد كرد.

Identification and protection of habitats are essential to protect wildlife. Identifying the habitats used by some mammal species with low population density requires the application of practical techniques in this field. Molecular studies on mammalian remains in nature and genome sequencing have facilitated the process of identifying habitats as well as monitoring their populations. Therefore, designing and launching a local molecular database to identify the sequences obtained from mammalian remains and ultimately facilitate the identification of their habitats is the main purpose of this study. For this purpose, some Iranian mammal species that were in conservation categories according to national laws or IUCN criteria, as well as the keystone species, were selected for this study. The non-invasive sampling of different mammalian species was performed from all over Iran and two gene regions including D-loop and COXI were chosen for sequencing. Additional sequences of the selected species belonging to D-loop, COXI, and Cyt b mitochondrial genes were also obtained from NCBI and a Local Molecular Database (LMD) was prepared. The performance of the LMD was determined using a known query sequence, and the database recognized the query sequence correctly. This database potentially enables the correct identification of the studied mammals’ habitats by identifying sequences belonging to species that remain in their habitats and resolves the existing challenges in the field of habitat identification and conservation planning.