بررسي شبكه پروتئين‌هاي مؤثر در سرطان‌هاي مري، معده و روده و تعيين پروتئين‌هاي مشترك كليدي به روش In silico

مقدمه: شيوع سرطان‌هاي مربوط به گوارش، بخصوص معده و روده رو به افزايش است. ازطرفي سرطان معده شايع‌ترين سرطان دستگاه گوارش در ايران بوده و سن ابتلا به سرطان مري و روده در ايران كاهش يافته است. درنتيجه بررسي عوامل و پروتئين‌هاي دخيل در اين سرطان‌ها بسيار حائز اهميت است.روش: در اين پژوهش به منظور بررسي شبكه‌هاي ميانكنشي پروتئين‌هاي دخيل در سرطان‌هاي مري، معده و روده از تحقيقات قبلي، با رويكرد كمي استفاده شده است. ابتدا پروتئين‌هاي شناسايي شده‌ سرطان‌هاي مري، معده و روده از پايگاه هاي داده مربوطه و مقالات استخراج شد، سپس ترسيم و تحليل تقاطع و تعيين پروتئين هاي كليدي در شبكه‌ ميانكنشي پروتئين ها با استفاده از سرورها و نرم افزارهاي STRING 11.0, Cytoscape 3.7.3, NDEx 2.4.3, UniProt انجام شد. از افزونه CentiScaPe 2.2 و CytoHubba با بررسي شاخص‌هاي مركزيت مختلف براي تعيين گره‌هاي كليدي و پروتئين هاي مشترك مركزي استفاده شد. درنهايت پس از بررسي پروفايل بياني پروتئين هاي با شاخص هاي مركزيت بالادر Expression Atlas, GEPIA2, GTEx v8 ، پروتئين هاي مشترك در هر سه سرطان تعيين شدند.نتايج: نتايج نشان داد پروتئين هاي PLK1, CCNB1, CCNA2, BUB1B, CDK1 به عنوان مشترك مركزي در هر سه بافت هستند. اين پروتئين ها ضمن داشتن همبستگي بالا (R= 0/8) با يكديگر، داراي تفاوت بيان معني دار در بافت هاي نرمال و سرطاني هستند. نتيجه گيري: پروتئين هايPLK1, CCNB1, CCNA2, BUB1B, CDK1 مي توانند به عنوان ماركر تشخيصي و درماني سرطان‌هاي مري، معده و روده استفاده شوند. ادامه‌ مطالعات بر روي اين پروتئين ها آينده‌ روشني را براي يافتن درمان انواع مختلف سرطان دستگاه گوارش در پي دارد.