عنوان مقاله :
بررسي اثر دما بر وابستگي اتصال رمدسيوير به آنزيم RdRp ويروس سارس-كوويد-2 با استفاده از شبيه‌سازي ديناميك مولكولي هدايت شده
پديد آورندگان :
عبيدي ، محدثه دانشگاه حكيم سبزواري - گروه مكانيك , سهيلي فرد ، رضا دانشگاه حكيم سبزواري - دانشكد مهندسي مكانيك - گروه مكانيك , حسن زاده قاسمي ، رضا دانشگاه حكيم سبزواري - دانشكده مهندسي مكانيك - گروه مكانيك
كليدواژه :
سارس- كوويد-2 , آنزيم پليمراز RNA وابسته به RNA , داكينگ مولكولي , شبيه‌سازي ديناميك مولكولي هدايت شده , رمدسيوير
چكيده فارسي :
ويروس مرگ بار سارسكوويد2 اولين بار اواخر سال 2019، در چين پديدار شده است. اين ويروس توالي مشابهي با ويروس سارس كوويد در سال 2002 داشته، با اين تفاوت كه سرعت انتقال آن بسيار زياد ميباشد. از طرفي سارس كوويد2، يك RNA ويروس بوده و براي رونويسي ژنوم ويروسي خود نيازمند آنزيم RdRp است. به سبب در دسترس بودن محل فعال اين آنزيم، هدف قرار دادن آن براي مهار تكثير سارس كوويد2 يك روش درماني موثر محسوب ميشود. رمدسيوير يك مهاركننده‌ي ويروس هپاتيت C و ابولا و مورد تاييد سازمان غذا و دارو، نتايج مثبتي را در مهار پروتئاز اصلي و RdRp سارسكوويد2 نشان داده است. هدف از بررسي حاضر مشاهده عملكرد رمدسيوير براي مهار RdRp در دماهاي متفاوت با روش شبيه‌سازي ديناميك مولكولي هدايت شده، ميباشد. بدين منظور رمدسيوير و RdRp پس از اتصال با داكينگ مولكولي در چهار دماي متفاوت (از17 تا 47 درجه سانتي‌گراد) مورد ارزيابي قرار گرفتند. با توجه به نتايج بدست آمده، نيروي گسيختگي و كار كشيدگي براي جدا شدن رمدسيوير از RdRp، با افزايش دما، كاهش مي يابند. همچنين در دماهاي بالاتر، انرژي آزاد گيبس به سبب ارتباط با كار كشيدگي كاهش مي‌يابد.
