شناسايي و تأييد miRNAهاي جديد مشترك در گندم نان و گونه هاي مختلف اجيلوپس با استفاده از روشهاي بيوانفورماتيكي و Real time PCR

گندم نان يكي از غلات مهم است كه به طور وسيع در جهان كشت مي شود. miRNA ها يك نوع از RNA هاي كوچك تنظيمي هستند كه حدود 18-22 نوكلئوتيدي بوده و مي توانند به عنوان يك ابزار اصلاحي جديد در بهبود ژنتيكي گياهان عمل كنند. با توجه به اينكه بسياري از miRNA ها از نظر تكاملي در بين قلمرو گياهان و جانوران محافظت شده هستند، استفاده از ژنوميكس مقايسه اي و روش هاي محاسباتي براي شناسايي miRNA ها، بسيار مورد توجه است. در اين مطالعه شناسايي miRNA بالقوه جديد در گندم نان مورد نظر بود و از يك روش جستجوي مبتني بر تشابه روي EST براي اينكار استفاده شد. بدين منظور miRNA هاي شناخته شده گياهي به عنوان مرجع در برابر EST هاي گندم قرار گرفته و BLASTn انجام شد. سپس توالي هاي كد كننده پروتئين توسط BLASTx شناسايي و حذف شدند. در مرحله بعد ساختار ثانويه مورد بررسي قرار گرفت و سپس miRNA هاي كانديد در پايگاه اطلاعاتي Rfam بررسي شدند. در نهايت سه miRNA جديد با استفاده از اين روش شناسايي شد كه از نظر توالي، مشابه miRNA هاي شناخته شده در اجيلوپس تائوشي بودند. به منظور تأييد وجود آنها در گندم و گونه هاي اجيلوپس حاوي ژنوم D شامل تائوشي، سيلندريكا و كراسا، از Real time PCR استفاده شد و در نهايت وجود توالي myseq2 در ساقه گياهان مورد مطالعه تأييد شد. شناسايي ژن هاي miRNA تأييد شده نشان داد كه بيشتراين ژن ها مانند RGA، PIK و NBARC روي مقاومت به بيماري هاي مختلف تأثير داشته و برخي نيز در مقاومت به تنش هاي غير زيستي از جمله تنش خشكي و شوري نقش داشتند. نتيجه تحقيق تأييد كرد كه روش هاي محاسباتي ابزار مناسبي براي پيش بيني miRNA هاي كانديد مي تواند باشد كه سبب صرفه جويي در وقت و هزينه شناسايي miRNA ها مي شود.