آناليز تفاوت ژنتيكي ژن هاي مرتبط با پاسخ ايمني بين گاوهاي نژاد خالص و آميخته سيستاني و مونت بيليارد با استفاده از داده هاي RNA-Seq

جهش در طول توالي ژن ها سبب بروز تغييرات نوكلئوتيدي و درنتيجه ايجاد عملكرد جديد در ژن ها مي شود. هدف از مطالعه حاضر، ارزيابي تنوع ژنتيكي و تحليل بيان متفاوت ژن‌هاي مرتبط با سيستم ايمني در بين دو جمعيت گاوهاي نژاد خالص و آميخته سيستاني و مونت بيليارد بود. در اين مطالعه از نتايج مربوط به آناليز بيان افتراقي در بين جمعيت گاو هاي نژاد خالص و آميخته سيستاني و مونت بيليارد با استفاده از داده هاي RNASeq جهت تجزيه ژنتيكي و ترسيم درخت فيلوژنتيكي استفاده ‌شد. توالي هاي نوكلئوتيدي با روش ClustalW توسط نرم افزار MegaAlign هم رديفـ سازي شدند و درخت فيلوژنتيكي و ماتريس تفاوت و تشابه توالي ها ترسيم شد. بر اساس نتايج اين تحقيق، ميانگين اختلاف نوكلئوتيدها و تعداد كل جهش ها براي ژن‌هاي مورد مطالعه در بين جمعيت‌هاي گاو نژاد خالص و آميخته سيستاني و مونت بيليارد به ترتيب در محدوده ي (2598/66-186) و (3898-74) قرار داشت. هم چنين، نواحي حفاظت‌ شده بخش اندكي از توالي ژن هاي مورد مطالعه را تشكيل دادند كه اين امر نشان دهنده چند شكلي بالاي اين ژن ها و هم چنين مستعد بودن به تغييرات نوكلئوتيدي و جهش مي باشد. نتايج حاصل از درخت فيلوژني توالي نوكلئوتيدي ژن هاي مورد مطالعه نشان داد كه تنوع ژنتيكي و واگرايي براي ژن هاي مورد مطالعه در بين جمعيت هاي گاو نژاد خالص، آميخته سيستاني و مونت بيليارد و اينديكوس وجود دارد. ميزان عددي نسبت جايگزيني dN/dS براي ژن هاي مورد مطالعه نشان دهنده انتخاب مثبت اين ژن ها بود.