طراحي واكسن پلي‌اپي‌توپي سلول‌هاي B و T ضد سويه‌هاي باكتري هموفيلوس: با رويكرد بيوانفورماتيكي

زمينۀ مطالعه:علي رغم وجود واكسن هاي كونژوگه ضد سويه هاي هموفيلوس عفونت هاي ناشي از هموفيلوس آنفلوانزا و هموفيلوس سومنوس چه در بعد انساني و چه در صنعت دامپروري خسارت هاي اقتصادي بسياري را به جوامع تحميل مي كند. كارا نبودن واكسن‌هاي موجود ضد همه سويه‌ها مي تواند در گسترش عفونت ناشي از هموفيلوس مؤثر باشد. از نقاط ضعف اين واكسن ها مي توان به عدم پوشش اپي توپ هاي گوناگون از سويه هاي هموفيلوس در واكسن هاي موجود اشاره كرد. از اين رو انتخاب يك مجموعه اي از پروتئين هاي حراست شده و مشترك در سويه هاي تهاجمي هموفيلوس آنفلوانزا و هموفيلوس سومنوس جهت پيشگويي اپي توپ ها و طراحي واكسن ضروري است. هدف: اين مطالعه با هدف طراحي واكسن پلي اپي توپي مؤثر بر ضد سويه هاي بيماريزاي هموفيلوس آنفلوانزا و هموفيلوس سومنوس با بهره گيري از رهيافت هاي in silico انجام شد. روش‎كار: ابتدا توالي هاي پروتئين هاي مورد نظر از پايگاه هاي داده بازيابي شدند و به منظور به دست آوردن مناطق حراست شده با نرم افزار Clustal omega همرديف گرديدند. سپس پيشگويي اپي توپ هاي سلول هاي B و T براي 6 پروتئين ايمونوژن شامل پروتئين غشاي خارجي (Outer Membrane protein, OMP6)، پروتئين پوشش سلولي (Opacity Associated Protein A, OapA)، پروتئين باند شونده به ترانسفرين (Transfern Binding Protein A, TbpA)، پروتئين D (PD) و D15  با استفاده از سرورهاي مختلف ايمونوانفورماتيك صورت گرفت. اپي توپ هاي مشترك داراي امتياز بالاتر با لينكرهاي مناسب به يكديگر متصل گرديدند. ويژگي هاي فيزيكوشيميايي و ساختاري مدل نهايي با سرورهاي مربوطه مورد بررسي قرار گرفت. نتايج: 6 اپي توپ سلولCD4+ T و 3 اپي توپ سلول B از 6 پروتئين ايمونوژن براي طراحي سازه نهايي انتخاب شدند. ارزيابي هاي ايمونوانفورماتيك نشان داد كه پپتيد پلي اپي توپي طراحي شده يك پادگن بي خطر، محلول، هيدروفيل و پايدار در دماهاي مختلف است كه مي تواند يك واكسن بالقوه باشد. نتيجه گيري نهايي: سازه پلي اپي توپي طراحي شده با ابزارهاي ايمونوانفورماتيك مي تواند به عنوان كانديد واكسن ضد هموفيلوس مورد توجه قرار گيرد.