مطالعه تأثير طول بلوك هاي هاپلوتيپي در بهبود صحت پيش بيني ژنومي به كمك روش هاي بيزي در گوسفند

زمينه و هدف: عدم تعادل پيوستگي(LD) و طرح ساختار بلوك هاي هاپلوتيپ سطح جمعيت پارامترهايي هستند كه براي مديريت مطالعات گسترده ژنومي(GWAS) و درك ماهيت رابطه غير خطي بين فنوتيپ ها و ژنوتيپ ها مفيد هستند. در مقايسه با چند شكلي تك نوكلئوتيدي(SNP)، استفاده از آلل هاي هاپلوتيپ در پيش بيني ژنومي و بهبود صحت پيش بيني كارآمدتر هستند. اما ميزان افزايش صحت به چگونگي طراحي بلوك هاي هاپلوتيپ بستگي دارد. اين مطالعه با هدف آزمون اندازه بهينه براي طول هاپلوتيپ در پيش بيني هاي ژنومي صورت گرفت.روش كار: در اين مطالعه آلل هاي هاپلوتيپ با توجه به آلل هاي SNP در بلوك هاي kb 125، kb 250، kb 500 و Mb 1 تعريف و آلل هاي هاپلوتيپ با فركانس هاي كمتر از 1، 5/2، 5 يا 10 درصد حذف شدند. از دو روش بيزA و بيزB براي پيش بيني اثرات ژنوميSNP ها و هاپلوتيپ ها در سه صفت با سه سطح وراثت پذيري(توليد شير (1/0=h2)، وزن لاشه (3/0=h2) و وزن بدن در بلوغ=h2) 45/0)استفاده شد.يافته ها: بيشترين صحت پيش بيني ژنومي در صفت وزن بدن در زمان بلوغ توسط روش بيزB(652/0) در طول بلوك هاپلوتيپي kb 250 و كمترين توسط روش بيزA در صفت توليد شير(407/0) در طول بلوك هاپلوتيپي Mb 1 حاصل گرديد. بلوك هاي هاپلوتيپي به طول kb 250 با آستانه فركانس 1 درصد، بالاترين ميزان صحت پيش بيني ژنومي را ارائه دادند. در مقايسه دو روش بيزA و بيزB، روش بيزB صحت برآورد بالاتري هم در مدل هاي بر پايه SNP و هم بر پايه آلل هاي هاپلوتيپ ارائه داد.نتيجه­گيري: قرار دادن آلل هاي هاپلوتيپ به جاي SNP ها در مدل آماري، درصورت تعريف مناسب طول هاپلوتيپ، سبب بهبود صحت پيش بيني ژنومي مي شود.