عنوان مقاله :
تجزيه تنوع ژنتيكي و ساختار جمعيت ژنوتيپهاي گندم دوروم(Triticum turgidum L.) با استفاده از نشانگرهاي SilicoDArT توليد شده از DArTseq در سطح كل ژنوم
پديد آورندگان :
ابراهيمي ، پيمان دانشگاه آزاد اسلامي واحد سنندج - گروه زراعت و اصلاح نباتات , كرمي ، عزت دانشگاه آزاد اسلامي واحد سنندج - گروه زراعت و اصلاح نباتات , اطمينان ، عليرضا دانشگاه آزاد اسلامي واحد كرمانشاه - گروه بيوتكنولوژي و به نژادي گياهي , طالبي ، رضا دانشگاه آزاد اسلامي واحد سنندج - گروه زراعت و اصلاح نباتات , محمدي ، رضا سازمان تحقيقات، آموزش و ترويج كشاورزي - موسسه تحقيقات كشاورزي ديم كشور
كليدواژه :
چند شكلي , گروه لينكاژي , جمعيت , نشانگر , گندم دوروم
چكيده فارسي :
هدف: گندم دوروم (Triticum turgidum L.) با متوسط توليد سالانه 40 ميليون تن، دهمين غله‌ي بسيار مهم و متداولي است كه در سراسر جهان كشت مي‌گردد. لذا هدف از اين مطالعه تجزيه تنوع ژنتيكي و ساختار جمعيت ژنوتيپهاي گندم دوروم براي آگاهي و استفاده از آن در مطالعات ژنوميك آينده با استفاده از نشانگرهاي SilicoDArT توليد شده از DarTseq بود. مواد و روش‌ها: DNA مربوط به 94 ژنوتيپ گندم دوروم به روش CTAB از برگ‌هاي تازه استخراج شد. كيفيت و كميت DNA استخراج شده با استفاده از دستگاه اسپكتروفتومتر اندازه گيري و غلظت DNA نمونه‌ها به ميزان 50 نانوگرم در ميكروليتر تصحيح گرديد. نمونه‌هاي DNA درDiversity Array Technology Pty, Ltd, Australia (https://www.diversityarrays.com) براي تجزيه ژنوتيپي DArTseq با استفاده از پلاتفرم تجزيه ژنوتيپي بوسيله تعيين توالي (GBS) پردازش شدند. تجزيه تنوع ژنتيكي و ساختار جمعيت بر روي 7882 نشانگر باقيمانده با استفاده از نرم افزارهايPower Markerv.3.25 ، DARwinver5.0، STRUCTURE 2.1.، GenAlex v. 6.41و Rv3.2.3 انجام گرفت. نتايج: مقدار محتوي اطلاعات چندشكلي (PIC) نشانگرهاي SilicoDArT از 0.023 تا 0.499 با ميانگين 0.38 متغير بود. متوسط تكرارپذيري و ميزان قرائت توالي‌ها در تمام گروه‌هاي لينكاژي به ترتيب بالاي 0.98 و 0.92 بود. تعداد نشانگرهاي SilicoDArT نقشه‌يابي شده از 300 نشانگر در گروه لينكاژي (Chr1A) تا 853 نشانگر در گروه لينكاژي (Chr7B) متفاوت بود. اندازه كروموزوم تحت پوشش نشانگرهايSilicoDArT از kbp829200.1 در گروه لينكاژي (Chr3B) تا kbp 589293.79 در گروه لينكاژي(Chr1A) متغير بود. نتايج تجزيه كلاستر به روش اتصال همسايگي (NJ)، ساختار جمعيت و تابع تشخيص مؤلفه‌هاي اصلي همخواني بالايي با هم داشتند و بطور واضح ژنوتيپهاي مورد بررسي را در چهار گروه مجزا قرار دادند. بيشترين ميزان تنوع ژنتيكي مربوط به تنوع درون جمعيتي بود. نتيجه‌گيري: تعداد نسبتاَ بالاي زيرجمعيت‌ها و وجود تنوع ژنتيكي بالا در ميان و درون جمعيت‌ها از ويژگي‌هاي مجموعه ژنوتيپهاي گندم دوروم مورد مطالعه در اين تحقيق بود. لذا با توجه به اتلاف 84% تنوع ژنتيكي گندم دوروم طي فرآيندهاي اوليه اهلي سازي، اين جمعيت‌ها مي‌توانند به عنوان يك منبع ارزشمند در تحقيقات بنيادي و كاربردي در پروژه‌هاي به‌نژادي مورد استفاده قرار گيرد.
عنوان نشريه :
بيوتكنولوژي كشاورزي
عنوان نشريه :
بيوتكنولوژي كشاورزي
