پديد آورندگان :
خلت آبادي فراهاني، اميرحسين دانشگاه اراك - دانشكده كشاورزي و منابع طبيعي - گروه علوم دامي , محمدي، حسين دانشگاه تبريز - دانشكده كشاورزي - گروه علوم دامي , مرادي، محمد حسين دانشگاه تبريز - دانشكده كشاورزي - گروه علوم دامي
كليدواژه :
آناليز غنيسازي , پويش ژنوم , چند قلوزايي , گوسفند , مسيرهاي زيستي
چكيده فارسي :
هدف از اين پژوهش، بررسي صفت تعداد نتاج در هر زايش ميش بهعنوان يك صفت توليدمثلي مهم بود. به اين منظور از ركوردهاي فنوتيپي هفت نژاد گوسفند وادي، هوي، ايسلندي، فينشيپ و رومانوف با باروري بالا و نژادهاي تكسل و راهمني با باروري پايين، براي مطالعه پويش ژنومي بر پايه آناليز غنيسازي به‌منظور شناسايي مكانيسمهاي زيستي استفاده شد. ارزيابي پويش كل ژنومي در بسته GenABEL برنامه R انجام شد. آناليز غنيسازي مجموعه ژني با بسته نرم‌افزاري goseq برنامه R با هدف شناسايي طبقات عملكردي و مسيرهاي زيستي ژنهاي نزديك در مناطق انتخابي كانديدا انجام شد. در اين پژوهش ژنهاي BMP5، DHCR24، BMPR1B، ESR1، ESR2 و PLCB1 در نژادهاي وادي و رومانوف، ژنهاي SMAD1، SMAD2، INSR و PTGS2 در نژادهاي فينشيپ و هوي، ژنهاي BMP7، NCOA1 و ERBB4 در گوسفند ايسلند، ژنهاي BMP4، MSRB3 و SPP1 در نژاد تكسل، و ژنهاي BMP7، EGFR و KCNMA1 در نژاد راهمني با تعداد نتاج متولدشده مرتبط بودند. در تحليل غنيسازي مجموعههاي ژني، تعداد 30 مسير با صفت تعداد نتاج در هر زايش مرتبط بودند. از بين مسيرهاي زيستي شناسايي‌شده، مسيرهاي TGF-β signaling pathway،Oxytocin signaling pathway ، Estrogen signaling pathway، Prolactin signaling pathway وInsulin signaling pathway نقش مهمي در نرخ تخمكريزي و چند قلوزايي داشتند. با توجه به تأييد مناطق قبلي پويش ژنومي و شناسايي مناطق ژنومي جديد، استفاده از يافتههاي اين پژوهش ميتواند در انتخاب ژنتيكي گوسفند از طريق تعداد نتاج بيش‌تر در هر زايش مفيد باشد.
كليدواژه‌ها
چكيده لاتين :
The aim of this study was to identify the molecular pathways related to litter size in sheep using gene set enrichment analysis. For this purpose, information of high prolificacy sheep breeds including Wadi, Hu, Icelandic, Finnsheep, and Romanov and low prolificacy including Texel and Rahmani were used for genome wide association studies and gene set enrichment analysis. Genome-wide association study was conducted using GenABEL package of R program. Gene set enrichment analysis was performed with the goseq R package to identify the biological pathways associated with candidate genes. We identified different sets of candidate genes related to litter size: BMP5, DHCR24, BMPR1B, ESR1, ESR2 and
PLCB1 in Wadi and Romanov; SMAD1, SMAD2, INSR and PTGS2 in Finnsheep and Hu; BMP7, NCOA1 and ERBB4 in Icelandic; BMP4, MSRB and SPP1 in Texel; BMP7, EGFR and KCNMA1 in Rahmani. According to pathway analysis, 30 pathways were associated with the litter size trait. Among biological pathways, the TGF-β signaling, Oxytocin signaling, Estrogen signaling, Prolactin signaling, and Insulin signaling pathways have significant association with ovulation rate and litter size trait. Overall, this study supported previous results from GWAS for litter size, also revealed additional regions in the sheep genome associated with litter size in sheep. These findings could potentially be useful for selective breeding for more litter size in sheep.
