ﻣﻄﺎﻟﻌﻪ ﭘﯿﻮﺳﺘﮕﯽ ﺳﺮاﺳﺮي ژﻧﻮم ﺑﺎ ﺻﻔﺎت ﺗﻮﻟﯿﺪ ﺷﯿﺮ و ﻣﻌﯿﺎر ﺳﻠﻮل ﻫﺎي ﺑﺪﻧﯽ ﮔﺎوﻫﺎي ﻫﻠﺸﺘﺎﯾﻦ اﯾﺮان

Genome-wide association study for milk production and somatic cell score traits in Iranian Holstein cattle

در پرورش گاوشيري هدف اصلي افزايش سود است. افزايش بيماري ورم پستان از مشكلات اصلي پرورش گاوشيري با كاهش طول عمر توليدي و افزايش هزينه ها، سبب تحميل زيان هاي اقتصادي جدي به اين صنعت شده است. اين مطالعه باهدف بررسي معماري ژنتيكي و شناسايي نواحي ژنومي مرتبط با صفات توليدشير و تعداد سلول هاي بدني به عنوان يكي از شاخص هاي ارزيابي كيفيت شير و معياري غيرمستقيم از بيماري ورم پستان، انجام شده است. براي بررسي ارتباط و شناسايي پنجره هاي ژنومي اصلي، از روش مطالعه پيوستگي سراسري ژنوم يك مرحله اي با داده هاي ژنومي 1938 راس گاو نر استفاده شد. نتايج براساس واريانس ژنتيكي افزايشي پنجره هاي 5/1 مگابازي از SNPهاي مجاور ارايه شده است. پنجره هايي كه بيش از 1% واريانس را كنترل مي كنند به عنوان نواحي ژنومي اصلي و جهت يافتن ژن هاي كانديدا استفاده شدند. تعداد 11 پنجره ژنومي اصلي روي 9 كروموزوم اتوزوم، حاوي 94 ژن كانديدا حدود 20% واريانس ژنتيكي معيار سلول هاي بدني را توصيف مي كردند. بيشترين واريانس مربوط به پنجره اي روي كروموزوم 14 (3/85%) بود. تعداد 6 پنجره اصلي روي 6 كروموزوم شامل 89 ژن كانديدا، مرتبط با توليدشير بودند. اين پنجره ها 8/8% واريانس و مهم ترين پنجره روي كروموزوم 10، حدود 2/08% واريانس را كنترل مي نمودند. درخصوص مقدار چربي و پروتيين شير، به ترتيب تعداد 9 منطقه روي 7 كروموزوم، حدود 15/6% و 9 پنجره روي 8 كروموزوم، حدود 10/6% از واريانس را توصيف مي كردند. نتايج نشان داد كه 4 ناحيه ژنومي اثر پليوتروپي دارند. يافته هاي اين تحقيق مي تواند به عنوان منبع اطلاعاتي مهمي در ارزيابي هاي ژنومي صفات توليد شير و تعداد سلول هاي بدني باشد.

The main objective of dairy farmers is to maximize their profit. Increased incidence of mastitis in farms is one of the health problems, causing in serious economic losses as a consequence of treatment costs and reduction of production and longevity. The objective of this study was to evaluate the genetic architecture and associated genomic regions with milk production and somatic cell score (SCS) as an indirect measure of mastitis and the quality of raw milk. Thus, an SNP data set from 1938 Holstein bulls were used in a single-step genome-wide association study. The proportion of additive genetic variance (agv) for each of 1.5-Mb genomic window (adjacent SNPs) was used to identify informative genomic regions, accounting for more than 1% of the agv. A total of 11 significant windows over 9 bovine autosomes were found for the SCS. A peak on BTA14 explained the largest proportion of variance (3.85%). These regions together, explained 20% of agv and harbored 94 candidate genes. For milk yield, we identified 6 informative windows across 6 chromosomes, and a peak on BTA10 explained 2.08% of agv. These regions, explained 8.8% of the agv and sheltered 89 candidate genes. For the fat yield, 9 significant windows were identified on 7 chromosomes and explained 15.6% of agv, and 9 windows contained 87 candidate genes on 8 bovine autosomes were associated with milk protein yield (10.6% of agv). Four genomic regions had a pleiotropic effect. These findings can be an important source of information in genomic evaluation of dairy cattle.