مقايسه روش‌هاي تجزيه مؤلفه‌‌هاي اصلي (PCA) و تجزيه تشخيصي مؤلفه‌هاي اصلي (DAPC) در بررسي ساختار جمعيتي نژادهاي اسب آخال‌تكه، عرب و كاسپين با استفاده از اطلاعات ژنومي

ابداع روش هاي تعيين ژنوتيپ با توان بالا و مقرون به صرفه طي ساليان اخير، امكان ارزيابي ساختار ژنتيكي و ارتباط ميان جمعيت هاي يك گونه را با استفاده از اطلاعات ژنومي فراهم ساخته است. بررسي ساختار جمعيتي بر اساس نشانگرهاي گسترده در سطح ژنوم، اطلاعات ارزشمندي در ارتباط با روابط تكاملي و دسته بندي زيرجمعيت ها فراهم مي كند. هدف از اين تحقيق مقايسه دو روش تجزيه مؤلفه هاي اصلي (PCA) و تجزيه تشخيصي مؤلفه‌هاي اصلي (DAPC) در بررسي ساختار و روابط بين جمعيتي سه نژاد اسب موجود در منطقه خاورميانه شامل آخال تكه، عرب و كاسپين بود. به اين منظور از داده هاي ژنومي بدست آمده از آرايه هايIllumina 50K SNP Beadchip  در 61 نمونه از اين نژادها استفاده شد. اين تحقيق با همكاري پروژه كنسرسيوم تنوع ژنتيكي اسب (EGDC) انجام شد و كدهاي مورد نياز براي آناليز داده ها در نرم افزار R تهيه شدند. نتايج حاصل نشان داد كه در هر دو روش 8/10 درصد واريانس توسط دو مؤلفه اول توجيه مي شود و هر دو روش سه جمعيت را جدا از هم خوشه بندي كردند. معيار ارزيابي تعداد بهينه خوشه بندي براي روش DAPC، معيار اطلاعات بيزي (BIC) بود كه تعداد K=3 بهترين نتيجه را با كمترين BIC نشان داد. روش DAPC نسبت به روش PCA با نتايج بهتري همراه بود .در تعيين شمار بهينة K بهتر از روش PCA عمل كرد و تصوير بهتري از ارتباط بين افراد ارائه داد. همچنين در انتساب افراد به گروه هاي خود هر دو روش صحت بسيار خوبي ارائه دادند. در مجموع نتايج اين تحقيق نشان مي دهد با وجود اينكه نتايج تحقيقات گذشته اين سه جمعيت را كه مربوط به منطقه خاورميانه هستند در يك خوشه از درخت همسايگي قرار مي دهند، ولي با توجه به نتايج اين پژوهش و با استفاده از روش هاي مورد استفاده در اين تحقيق، سه نژاد به صورت مجزا گروه بندي مي شوند و DAPC مي تواند تصوير بهتري از روابط بين جمعيتي در نژادهاي اسب ارائه دهد.